CyTLFGraph: uma extensão do Cytoscape para redes reguladoras de genes com lógica limiar

• Ano de defesa: 2020
• Autor(a) principal: Pérez Baranda, Hector
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de Viçosa; Ciência da Computação
• Palavras-chave em Português: Redes regulatórias de genes; Multiprocessamento; Ciência da Computação
• Link de acesso: https://locus.ufv.br//handle/123456789/30981

Modelos dinâmicos de redes de reguladoras de genes (GRNs) vem sendo utilizados na descrição de fenômenos e processos biológicos complexos, como diferenciação celular e evolução de doenças como o câncer. No entanto, a caracterização topoló- gica e funcional de GRNs reais ainda é muitas vezes parcial. Além disso, o espaço de solução gerado por uma GRN com n vértices (ou genes) é 2 n , onde a busca exaustiva pode não ser viável. O objetivo deste trabalho é aplicar a computação de alto desempenho para explorar o máximo possível do espaço de busca. A característica distintiva deste trabalho em comparação com os esforços anteriores é que ele fornece suporte para modelar o comportamento dinâmico de subsistemas biológicos bem definidos usando várias estratégias de simulação: iterações síncronas ou modelagem híbrida, além de melhorar os tempos de execução, usando as representações booleanas e com lógica limiar das redes reguladores. As ferramentas desenvolvidas também foram incluídas como extensões da ferramenta Cytospace que é uma referência na modelagem de redes e grafos com redes complexas na área de Bioinformática. Palavras-chave: Redes reguladoras de genes. Computação alto desempenho. Cytoscape.