Efeito da saturação e do tamanho de populações F2 e de retrocruzamento sobre a acurácia do mapeamento genético

• Ano de defesa: 2006
• Autor(a) principal: Cruz, Eduardo Machado
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de Viçosa; BR; Genética animal; Genética molecular e de microrganismos; Genética quantitativa; Genética vegetal; Me; Doutorado em Genética e Melhoramento; UFV
• Palavras-chave em Português: Simulação; QTL; Melhoramento vegetal; Simulation; Plant Breeding; CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA QUANTITATIVA
• Link de acesso: http://locus.ufv.br/handle/123456789/1394

Este trabalho objetivou gerar e analisar dados de genomas simulados de populações F2 e de retrocruzamento e, com base nesses dados, avaliar o tamanho ótimo de amostras dessas populações para estudo de mapeamento genético. Para isso, foram geradas populações F2 e de retrocruzamento com sete tamanhos de amostra (50, 100, 150, 200, 400, 600 e 800 indivíduos) e quatro níveis de saturação (5, 10, 15 e 20 marcadores em cada um de 10 grupos de ligações de 100 centimorgans). As simulações foram feitas por meio do programa GQMOL (2005) e analisadas com os programas GENES (2004) e GQMOL (2005), criados pelo professor Cosme Damião Cruz, do Departamento de Biologia da Universidade Federal de Viçosa. Conclui-se que é completamente inviável a utilização de amostras pequenas, com tamanho próximo a 50 indivíduos, mesmo na saturação de 5 cM por grupo de ligação, que foi o maior nível de saturação utilizado neste trabalho, e desnecessário o emprego de amostras a partir de 400 indivíduos para obtenção de mapas genéticos acurados. Amostras com pequeno número de indivíduos não permitem recuperar o número correto de grupos de ligações da espécie e o ordenamento correto, nem possibilitam estimar corretamente a distância entre os pares de locos. Em populações F2, tamanhos mínimos de amostras de 100, 150 e 200 indivíduos podem ser utilizados para uma recuperação completa do genoma com saturações de 5, 6,66 e 10 cM, respectivamente. No caso de populações de retrocruzamento de 200 indivíduos para os três primeiros níveis de saturação e de 800 para a saturação de 20 cM e de existirem poucos indivíduos, porém acima de 100, para que seja feita uma avaliação, mapas confiáveis podem ser gerados desde que se utiliza uma saturação superior a 5 cM.