Ferramenta (RGeasy®) de análise de genes de referência para estudos de expressão via RT-qPCR

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Souza, Micaele Rodrigues de
• Orientador(a): Barreto, Horllys Gomes
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal do Tocantins; Palmas
• Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Agroenergia - PPGA
• País: BR
• Palavras-chave em Português: Genes endógenos; Expressão relativa; Normalização; Endogenous genes; Relative expression; Normalization
• Área do conhecimento CNPq: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/11612/3567

A quantificação da expressão gênica via RT-qPCR pode ser obtida, a partir da expressão relativa, que é normalizada por meio de genes de referência. Dessa forma, é essencial que os genes propostos como genes de referência sejam validados experimentalmente. Assim, vários estudos são desenvolvidos, para identificar o gene mais estável, entretanto a maioria dessas pesquisas validam genes a situações muito específicas, não explorando todo o potencial da pesquisa já realizada. Essa situação faz com que seja necessária a realização de novos experimentos por parte daqueles que têm interesse em analisar a expressão gênica em combinações de tratamentos e/ou condições não abordadas pelos pesquisadores. Neste estudo, apresentamos o RGeasy que visa facilitar a escolha de genes de referência, permitindo a seleção de genes, para maior número de combinações de tratamentos/condições que as disponibilizadas na literatura, por meio apenas de alguns cliques. O RGeasy foi validado com um conjunto de dados de Coffea arabica e Coffea canephora, porém ele poderá fornecer informações de todas as espécies, divididas em três categorias: animal, vegetal e microrganismo. Além de ter acesso ao ranking dos genes de referência mais estáveis, para cada condição ou tratamento, o usuário tem acesso a um conjunto de primers para cada um dos genes selecionados.