Transcriptogramer: pacote em R para análise transcricional

• Ano de defesa: 2018
• Autor(a) principal: Morais, Diego Arthur de Azevedo
• Orientador(a): Dalmolin, Rodrigo Juliani Siqueira
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Programa de Pós-Graduação: PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOINFORMÁTICA
• País: Brasil
• Palavras-chave em Português: Software; Análise transcricional; Biologia de sistemas; Interação proteína-proteína; Associação funcional; Transcriptograma
• Área do conhecimento CNPq: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS: BIOINFORMÁTICA
• Link de acesso: https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/25721

O transcriptograma, um método utilizado na análise de transcriptomas, utiliza dados de interação proteína-proteína para construir uma lista ordenada de genes. Nesta lista, genes são posicionados de forma que a probabilidade de interação entre seus produtos decaia exponencialmente com o aumento da distância entre suas posições. A lista ordenada de genes é então utilizada para calcular o valor de expressão médio de genes funcionalmente associados numa janela com raio configurável, permitindo a expressão diferencial de grupos gênicos não pré-definidos em estudos caso-controle. O objetivo deste estudo é a implementação de um pacote em R que use transcriptogramas e integre funcionalidades de pacotes já conhecidos pela comunidade científica, capaz de realizar: expressão diferencial, enriquecimento funcional, e visualização de rede. O pacote transcriptogramer foi implementado e encontra-se disponível no Bioconductor, um repositório para softwares open source desenvolvidos na linguagem R para utilização em bioinformática. Numa comparação entre o transcriptogramer e um pipeline combinando funcionalidades dos pacotes limma e topGO, observou-se que o transcriptogramer identificou aproximadamente 10 vezes mais termos do Gene Ontology significativamente enriquecidos, dentre os quais foram encontrados a maioria dos termos identificados pelo pipeline convencional.