Detalhes bibliográficos
| Ano de defesa: |
2013 |
| Autor(a) principal: |
Vialle, Ricardo Assunção |
| Orientador(a): |
Não Informado pela instituição |
| Banca de defesa: |
Não Informado pela instituição |
| Tipo de documento: |
Dissertação
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| Tipo de acesso: |
Acesso aberto |
| Idioma: |
por |
| Instituição de defesa: |
Não Informado pela instituição
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| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
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| Departamento: |
Não Informado pela instituição
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| País: |
Não Informado pela instituição
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| Palavras-chave em Português: |
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| Link de acesso: |
http://hdl.handle.net/1884/34801
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Resumo: |
Resumo: Na Bioinformática, a comparação de sequências é uma tarefa essencial para diversas atividades e é onde geralmente se tem o maior custo computacional. A anotação de genomas é uma atividade que envolve tarefas distintas, dentre elas a comparação de sequências contra grandes bancos de dados. Este trabalho apresenta um sistema para anotação automática de genomas de procariotos chamado SILA e uma nova abordagem independente de alinhamento para busca e comparação de sequências de proteínas chamado Rapid Alignment Free Tool for Sequences Similarity Search (RAFTS3). O SILA combina duas ferramentas para realizar a predições de genes. Os genes preditos são comparados com três bancos de sequências de proteínas (NR, Pfam e COG) utilizando o RAFTS3 para buscar informações que possam inferir, através da semelhança de sequências, as funções dos genes. Os testes realizados mostraram que o RAFTS3 obteve resultados comparáveis ao BLASTp com desempenho até 500 vezes superior em buscas por sequências com alta similaridade contra grandes bancos. O SILA apresenta resultados de anotação comparáveis ao estado da arte com altas taxas de acerto na predição e identificação dos genes. O serviço de anotação está disponível em ambiente Web. |
