Identificação de genes e o problema do alinhamento Spliced Múltiplo

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2010
Autor(a) principal: Kishi, Rodrigo Mitsuo
Orientador(a): Adi, Said Sadique
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://repositorio.ufms.br/handle/123456789/510
Resumo: A identificação de genes em sequências de DNA de organismos eucariotos ainda pode ser considerado um problema em aberto na Bioinformática. Na busca por soluções deste problema, em muitos casos recorre-se à comparação de sequências. Várias combinações de sequências vêm sendo utilizadas pelas ferramentas de identificação de genes e neste trabalho propomos a comparação de diversas sequências de cDNA com uma sequência de DNA. Essa proposta foi abordada através da formulação e estudo de um problema de otimização combinatória denominado Problema do Alinhamento Spliced Múltiplo. Nessa dissertação descrevemos esse problema, demonstramos que ele é NP-completo para a distância de Levenshtein e propomos quatro heurísticas para resolvê-lo. Com base nessas heur´ısticas, desenvolvemos quatro ferramentas de identificação de genes por comparação de uma sequência de DNA com várias sequências de cDNA. Essas ferramentas foram avaliadas em instâncias de teste que construímos a partir de dados reais do genoma humano e os seus resultados mostraram-se melhores que os de outras ferramentas de identificação de genes disponíveis na literatura.