Algoritmos paralelos para o alinhamento de sequências genômicas

• Ano de defesa: 2014
• Autor(a) principal: Silva, Pedro Henrique Neves da
• Orientador(a): Stefanes, Marco Aurélio
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Palavras-chave em Português: Algorítmos Paralelos; Programação Paralela (Computação); Bioinformática; Parallel Algorithms; Parallel Programming (Computer Science); Bioinformatics
• Link de acesso: https://repositorio.ufms.br/handle/123456789/2074

No estudo da evolução dos organismos, ou das funções biológicas das moléculas, é comum a comparação entre diferentes organismos, ou moléculas, onde, em geral, essas moléculas são DNA, RNA ou proteínas, que são facilmente representadas por sequências de caracteres. A análise dessas várias sequências é um problema que necessita de muito tempo para ser realizada. Visando diminuir esse tempo são desenvolvidos métodos utilizando programação paralela com granulosidade híbrida, sendo essa paralelização necessária para tratar várias sequências com mais de 1000 caracteres. Neste trabalho estudamos o alinhamento de várias sequências e implementamos um algoritmo paralelo para este problema e comparamos o desempenho com o algoritmo sequencial utilizado pelo ClustalW, obtendo speedups que variam entre 61 e 8200, e com o algoritmo paralelo utilizado pelo ClustalWMPI, obtendo speedups que variam entre 44 e 280, quando temos muitas sequências de tamanho pequeno e quando temos um número considerável de sequências de tamanho grande, respectivamente, em ambas as comparações.