Genetic variability of new brasilian PCV2d strains and their relation to commercial vaccines

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Heloiza Irtes de Jesus Nascimento
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: eng
• Instituição de defesa: Universidade Federal de Minas Gerais; Brasil; VET - DEPARTAMENTO DE MEDICINA VETERINÁRIA PREVENTIVA; Programa de Pós-Graduação em Ciência Animal; UFMG
• Palavras-chave em Português: Suinos; Vacinas; Circovirose suina
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/1843/48598; https://orcid.org/0000-0002-5694-2932

No presente estudo 246 amostras clínicas oriundas de granjas de suínos comerciais nas regiões sul, sudeste e centr-oeste do Brasil, previamente vacinadas contra PCV2 e que apresentavam sinais clínicos compatíveis com PCVD foram submetidas para genotipagem de PCV2. O tipo de material enviado para diagnóstico foram amostras de fluido oral, soro e pool de órgãos linfoides. Das amostras analisadas, 106 (43.09% - 106/246) foram genotipadas, sendo 75.47% (80/106) identificadas como PCV2d e 22.64% (24/106) identificadas como PCV2b. Em 2/106 (1.89%) amostras foram verificadas co-infecção de PCV2b e PCV2d. Não houve detecção do genótipo PCV2a nas amostras analisadas. Dentre as amostras clínicas analisadas, o fluido oral obteve um maior número de amostras genotipadas (40/106-37.74%), seguido de pool de órgãos linfóides e soro, com o mesmo número de amostras genotipadas (33/106- 31.13%). Adicionalmente, 51 amostras clínicas brasileiras coletadas em 2019 foram enviadas para sequenciamento genético do gene ORF2, que codifica a proteína do capsídeo viral (Cap). Destas, 25 apresentaram boa qualidade para análise, sendo 8 genotipadas como PCV2b e 17 como PCV2d, confirmando que no Brasil, como descrito mundialmente, houve o aumento do genótipo PCV2d. Para analisar a distribuição temporal dos genótipos e flutuação mundial dos genótipos desde 1993 à 2019, 3,544 sequencias disponíveis no GenBank foram analisadas, demonstrando um considerável aumento do genótipo PCV2d a partir de 2006, sendo hoje, o genótipo mais prevalente no mundo. Para estimar a variabilidade da Cap protein de nossas sequencias de PCV2d, comparamos nossas amostras com outras 1,300 sequencias de PCV2d disponíveis no GenBank. Com o objetivo de avaliar a possível pressão vacinal sobre o o genótipo PCV2d, separamos as sequencias em 4 grupos: (1) Pre vacinação (PreVacD) - sequencias de amostras coletadas antes de 2006; (2) Pós vacinação (PosVacD) - sequencias de amostras coletadas entre 2007 e 2020; (3) sequencias de suínos selvagens ou de vida livre(WboarD) que não sofreram pressão vacinal; e (4) nossas sequencias de PCV2d (TestD), analisadas no presente estudo.. Devido às possíveis falhas vacinais observadas nas granjas de suínos comerciais no Brasil, as amostras de PCV2d sequenciadas no presente estudo foram comparadas com as sequencias da ORF2 disponíveis de três vacinas comercias utilizadas no Brasil, uma contendo o genótipo PCV2b e duas contendo o genótipo PCV2a. Grande parte dos resíduos de aminoácidos que se encontram dentro de regiões de epítopo são conservadas, sugerindo uma boa reação cruzada entre as amostras vacinais e as amostras de PCV2d analisadas. Contudo, em alguns resíduos de aminoácidos em sítios antigênicos, essencias para ligação de anticorpos e, consequentemente, neutralização viral, foram detectadas mutações entre as sequencias de PCV2d e as sequencias vacinais. Este resultado sugere que estas mutações possam ter importancia em relação à resposta. Porém, mais estudos devem ser realizados para elucidar essas questões, principalmente a implementação de processos de vigilância de genótipos de Circovirus suínos tipo 2 circulantes no Brasil.