Divergenome: uma plataforma bioinformática para o estudo da diversidade genética humana e aplicações na identificação de episódios de seleção natural na evolução humana

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2011
Autor(a) principal: Wagner Carlos Santos Magalhaes
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de Minas Gerais
UFMG
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: http://hdl.handle.net/1843/BUOS-9TDGLR
Resumo: At this work we developed a management platform for data and projects from population genetics and genetic epidemiology fields called DIVERGENOME. It is composed of two functional components: A) a relational database, which aims to safely store, organize and integrate different sources of information and datasets (available at public repositories and locally produced), as well as genetic data (genotypes and haplotypes inferred using different types of polymorphisms) and epidemiologic information (phenotypes, characterized by quantitative and qualitative variables); and B) a set of scripts written using the programming language Perl, called DIVERGENOMEtools, that enables users to handle and change file formats according to their and software required for data analysis, a step which bears several basic but error-prone tasks. Our conversion tool outlines a new strategy, graph based, that integrates the scripts available by creating dynamic conversion pipelines attempting to maximize the number of formats available and to easy incorporate new scripts to the system. A first version of DIVERGENOMEtools may be accessed at (www.cebio.org/pipelineldgh/). The different modules of our platform demonstrated to be efficient to their objective. Finally, we developed a web interface to make easy the access of all functionalities of our system.