Development of bioinformatics tools for assembly and genomic characterization of emerging and reemerging viruses circulating in Brazil

• Ano de defesa: 2022
• Autor(a) principal: Vagner de Souza Fonseca
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: eng
• Instituição de defesa: Universidade Federal de Minas Gerais; Brasil; ICB - INSTITUTO DE CIÊNCIAS BIOLOGICAS; Programa de Pós-Graduação em Bioinformatica; UFMG
• Palavras-chave em Português: Arbovirus; Bioinformatica; MinION; Filogenia; NSG; Bioinformática; Genômica
• Link de acesso: http://hdl.handle.net/1843/42258; https://orcid.org/0000-0001-5521-6448

As emergências e reemergências recentes de arbovírus como os vírus Chikungunya (CHIKV), Zika (ZIKV), Dengue (DENV), Febre Amarela (YFV), Mayaro (MAYV), Oropouche (OROV) e Febre do Nilo Ocidental (WNV) no Brasil ilustram a necessidade de monitoramento genômico rápido para que contramedidas possam ser prontamente organizadas. O objetivo geral deste estudo foi, portanto, melhorar a qualidade dos serviços de saúde pública, por meio de um monitoramento ativo de vírus circulantes e co-circulantes por análise genômica e de bioinformática que são necessárias para: (i) identificar possíveis novos vírus emergentes, bem como identificar aqueles já circulantes mas com baixa viremia; ii) reduzir a subnotificação de casos de coinfecção; iii) compreender a dinâmica de disseminação espaço-temporal de possíveis vírus circulantes e co-circulantes, e (iv) determinar os fatores que afetam a disseminação e evolução clínica das infecções causadas por arbovírus. Ferramentas de bioinformática eficientes capazes de analisar o grande volume de dados gerados a partir do sequenciamento de alto rendimento são essenciais para entender a epidemiologia das infecções causadas por patógenos virais em uma determinada área. Essas ferramentas também podem ser usadas para fornecer dados oportunos sobre a disseminação de infecções para outras regiões geográficas. Nesse contexto, estratégias criativas de bioinformática podem democratizar e descentralizar o processo de gerenciamento e análise de dados, permitindo a realização de um sistema de vigilância global automatizado, em tempo real e de acesso aberto. Os dados genômicos gerados neste projeto permitiram aumentar a compreensão sobre a disseminação geográfica e temporal dos vírus circulantes. Isso pode ter influenciado políticas públicas melhorando as medidas para controlar epidemias, monitorar a dinâmica e disseminação de novas variantes virais com consequencte implementação de programas de controle mais eficientes para vigilância genômica em tempo real da síndrome febril aguda relacionada a arbovírus.