Detalhes bibliográficos
| Ano de defesa: |
2011 |
| Autor(a) principal: |
Guedes, Fernanda Alves de Freitas
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| Orientador(a): |
Santos, Marcelo de Oliveira
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| Banca de defesa: |
Viccini, Lyderson Facio
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Nicolás, Marisa Fabiana
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| Tipo de documento: |
Dissertação
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| Tipo de acesso: |
Acesso aberto |
| Idioma: |
por |
| Instituição de defesa: |
Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)
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| Programa de Pós-Graduação: |
Programa de Pós-graduação em Ciências Biológicas: Imunologia e Doenças Infecto-Parasitárias/Genética e Biotecnologia
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| Departamento: |
ICB – Instituto de Ciências Biológicas
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| País: |
Brasil
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| Palavras-chave em Português: |
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| Área do conhecimento CNPq: |
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| Link de acesso: |
https://repositorio.ufjf.br/jspui/handle/ufjf/2496
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Resumo: |
Lippia alba, também conhecida popularmente como erva cidreira, é uma espécie amplamente distribuída pelas Américas podendo ser encontrada por praticamente todo o Brasil. Muito usada pela medicina popular para o tratamento de problemas gastrointestinais e respiratórios, a folha desta espécie produz um óleo essencial rico em terpenos, principalmente mono e sesquiterpenos. Estes compostos não são apenas de interesse farmacológico, como também industrial. A composição deste óleo pode variar em função de fatores abióticos e também de variações genotípicas. Diante da complexidade da síntese destes compostos a proposta deste trabalho foi uma ampla caracterização do transcriptoma de folha de Lippia alba, além da identificação de prováveis enzimas envolvidas na síntese de terpenos. Para isso, foi feito um sequenciamento deste transcriptoma usando a plataforma 454 (Roche) seguido de uma montagem de novo. Esta plataforma tem sido cada vez mais utilizada para o sequenciamento de transcriptomas numa abordagem conhecida como RNA-Seq. O sequenciamento de biblioteca preparada a partir de RNA total em 1/8 de placa gerou 104.631 leituras com comprimento médio de 184,48bp num total de 19.302.161 bases. Foram feitas montagens das leituras usando 2 diferentes assemblers a fim de compará-las. Com o Newbler 2.5 foi possível montar 2.686 contigs com comprimento médio de 349bp, enquanto o SeqMan2.2 gerou 13.448 contigs com média de 284bp. Em seguida, foi feita a anotação funcional com o Blast2GO para os contigs obtidos nas duas montagens, tendo sido anotados 51,49% e 30,88%, respectivamente, dos contigs do Newbler e do SeqMan. Por fim, a análise das sequências anotadas revelou algumas enzimas potencialmente envolvidas com a síntese de terpenos. Os resultados obtidos neste estudo pioneiro sobre a espécie comprovam que as tecnologias NGS podem ser uma ferramenta bastante eficiente para o sequenciamento de transcriptomas e servirão como referência para o preparo mais específico de novas bibliotecas. Futuros sequenciamentos devem contribuir para uma melhor cobertura do transcriptoma permitindo a descoberta inclusive de transcritos raros. |
