Detecção de SARS-COV-2 (COVID-19) através da técnica de amplificação isotérmica mediada por LOOP (LAMP)
| Ano de defesa: | 2022 |
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| Autor(a) principal: |
Queiroz, Luiza da Silva
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| Orientador(a): |
Maranduba, Carlos Magno da Costa
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| Banca de defesa: |
Aranha, Aripuanã Sakurada
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| Tipo de documento: | Dissertação |
| Tipo de acesso: | Acesso embargado |
| Idioma: | por |
| Instituição de defesa: |
Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF)
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| Programa de Pós-Graduação: |
Programa de Pós-graduação em Ciências Biológicas: Imunologia e Doenças Infecto-Parasitárias/Genética e Biotecnologia
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| Departamento: |
ICB – Instituto de Ciências Biológicas
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| País: |
Brasil
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| Palavras-chave em Português: | |
| Área do conhecimento CNPq: | |
| Link de acesso: | https://doi.org/10.34019/ufjf/di/2022/00292 https://repositorio.ufjf.br/jspui/handle/ufjf/15057 |
Resumo: | Em 2019, a pandemia de COVID 19 causada pelo vírus Sars-CoV-2 acarretou em milhões de casos e mortes em todo o mundo. O diagnóstico do novo coronavírus durante a pandemia de COVID-19 foi essencial para prevenir a propagação do vírus e acompanhar a dinâmica da infecção. Os principais testes para diagnóstico de COVID-19 incluem testes sorológicos e moleculares. Aqui, descrevemos um método de diagnóstico molecular para a detecção de SARS-CoV-2 através da técnica de amplificação isotérmica mediada por Loop (RT-LAMP). Utilizamos essa técnica para detectar e amplificar sequências genéticas de SARS-CoV-2 usando um conjunto de iniciadores que possuem como alvo as regiões que codificam a proteína N. Para padronização, avaliamos material genético de pacientes já testados para o SARSCoV-2 por RT-qPCR. A técnica de RT-LAMP possui alguns obstáculos como resultados falsos positivos que podem ser ocasionados pelo pH ácido na reação. Dessa forma, nossos objetivos foram padronizar as reações de amplificação por RTLAMP para detecção de SARS- CoV-2, avaliando a amplificação da reação RT-LAMP com ou sem ajuste de pH e avaliando sempre a sensibilidade, especificidade e acurácia. Aqui utilizamos um total de 858 amostras de pacientes com síndrome respiratória, que foram divididas em três grupos, na primeira análise realizamos os ensaios de acordo com as recomendações do fabricante, sem ajuste de pH, e tivemos uma acurácia de 50,96% (k=0.041) em comparação aos resultados do RT-qPCR. Essa acurácia foi melhorada no grupo cuja reação de RT-LAMP foi corrigida o pH para 8-9, sendo a acurácia de 72,22% (k=0.484). Observamos também que a sensibilidade aumentou de 82% (95% CI, 68.56-91.42) para 92,19% (95% CI, 82.70-97.41), o mesmo acontecendo com a especificidade, indo de 22,22% (95%CI, 12.04-35.60) a 56.25% (95%CI, 43.28-68.63), após o ajuste de pH. Após a padronização com RTLAMP tempo real (rtRT-LAMP), a acurácia foi de 71,57% (k=0. 42), a sensibilidade foi 77.99% (95% CI, 71.76-83.41) e a especificidade melhorou com 68,35% (95% CI, 63.64-72.79). Esses dados demonstram que o ajuste de pH é importante para obter melhores resultados na técnica de RT-LAMP, contribuindo na validação para o desenvolvimento de diagnósticos baseados em RT-LAMP. |