Detalhes bibliográficos
| Ano de defesa: |
2016 |
| Autor(a) principal: |
Jesus, Éverton Mendonça de |
| Orientador(a): |
Barreto, Marcos Ennes |
| Banca de defesa: |
Barreto, Marcos Ennes,
Chavez, Christina von Flach Garcia,
Peixoto, Maycon Leone Maciel,
Pita, Samuel Silva,
Boratto, Murilo do Carmo,
Queiroz, Artur Trancoso Lopo |
| Tipo de documento: |
Dissertação
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| Tipo de acesso: |
Acesso aberto |
| Idioma: |
por |
| Instituição de defesa: |
Instituto de Matemática. Departamento de Ciência da Computação
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| Programa de Pós-Graduação: |
Mestrado em Ciência da Computação
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| Departamento: |
Não Informado pela instituição
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| País: |
brasil
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| Palavras-chave em Português: |
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| Link de acesso: |
http://repositorio.ufba.br/ri/handle/ri/22716
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Resumo: |
A Triagem Virtual é uma metodologia computacional de busca de novos fármacos que verifica a interação entre moléculas (ligantes) e alvos macromoleculares. Este trabalho Objetivou a adaptação de uma ferramenta de Triagem Virtual para arquiteturas paralelas com GPUs e multicore e avaliação dos seus resultados, buscando com isso aumentar o desempenho da triagem, reduzindo seu tempo de execução e, consequentemente, permitindo a escalabilidade do número de moléculas envolvidas no processo. A ferramenta escolhida Para este propósito foi o Autodock devido a sua ampla adoção dentre os pesquisadores de novos fármacos que utilizam a Triagem Virtual. Três implementações foram criadas abordando diferentes técnicas de paralelismo. A primeira foi uma versão multicore onde foi utilizado OpenMP, a segunda foi uma implementação em GPUs utilizando CUDA e porém, foi criada uma implementação híbrida utilizando a versão multicore e a versão para GPUs em conjunto. Em todas as abordagens foram alcançados bons resultados em relação ao tempo de execução total, porém a versão híbrida foi a que obteve os melhores resultados. A versão multicore alcançou speedups, ou ganhos de desempenho, da ordem de 10 vezes. A versão para GPUs alcançou speedups da ordem de 28 vezes e a híbrida de 85 vezes. Com estes resultados foi possível determinar que o uso de plataformas de execução paralelas podem, efetivamente, melhorar o desempenho Triagem Virtual. |
