Detalhes bibliográficos
| Ano de defesa: |
2016 |
| Autor(a) principal: |
Santos, Carolina Silva |
| Orientador(a): |
Pacheco, Luis Gustavo Carvalho |
| Banca de defesa: |
Vilela, Liza Figueiredo Felicori,
Farias, Leonardo Paiva |
| Tipo de documento: |
Dissertação
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| Tipo de acesso: |
Acesso aberto |
| Idioma: |
por |
| Instituição de defesa: |
Instituto de Ciências da Saúde
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| Programa de Pós-Graduação: |
Programa Multicêntrico de Pós-Graduação em Bioquímica e Biologia Molecular
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| Departamento: |
Não Informado pela instituição
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| País: |
brasil
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| Palavras-chave em Português: |
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| Área do conhecimento CNPq: |
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| Link de acesso: |
http://repositorio.ufba.br/ri/handle/ri/23693
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Resumo: |
Corinebactérias não diftéricas têm sido reconhecidas como agentes causadores de infecções oportunistas e nosocomiais em seres humanos. A identificação destas bactérias pelos testes mais comumente utilizados, baseados em baterias de 20 reações bioquímicas, é considerada desafiadora e normalmente requer a utilização de métodos adicionais, incluindo o sequenciamento do gene 16S rRNA e análises por espectrometria de massas do tipo MALDI-TOF. Em particular, as espécies frequentemente reportadas C. amycolatum, C. striatum, C. xerosis e C. minutissimum normalmente geram perfis bioquímicos que podem levar a identificações ambíguas ou mesmo completamente equivocadas nos laboratórios de microbiologia clínica. Para algumas destas espécies, o sequenciamento parcial ou total de um gene de referência adicional, rpoB, pode ser necessário para alcançar identificações não ambíguas e mesmo esta estratégia pode falhar. Neste contexto, o objetivo deste trabalho foi utilizar a genômica comparativa para identificação de novos alvos que possam contribuir para identificação rápida e confiável destas corinebactérias. Sequências genômicas completas de três isolados, C. minutissimum 1941, C. striatum 1961, e C. xerosis ATCC 373T, foram geradas pelo nosso grupo. Nós utilizamos o servidor RAST (Rapid Annotation using Subsystem Technology) para anotar automaticamente estes genomas e a análise genômica comparativa foi realizada através do EDGAR (Efficient Database framework for comparative Genome Analyses using BLAST score Ratios). O genoma publicamente disponível da linhagem SK46 de C. amycolatum também foi incluído nestas análises. A anotação genômica automatizada permitiu a identificação de um número médio de 2.539 sequências codificadoras por genoma e foi possível identificar um número de genes distintos para cada espécie. Oligonucleotídeos iniciadores foram desenhados para detecção de genes espécie-específicos para o desenvolvimento de novos métodos de identificação molecular que foram capazes de identificar de forma não ambígua um pequeno painel de linhagens de C. xerosis, C. striatum e C. amycolatum. Os resultados destes novos testes obtiveram 100% de concordância com as identificações obtidas pelo sequenciamento dos genes 16S rRNA e rpoB dos isolados bacterianos estudados. |
