Predição de estrutura de proteína por homologia assistida por ontologia.

• Ano de defesa: 2007
• Autor(a) principal: Pinagé, Kellen Fabiane da Silva
• Outros Autores: http://lattes.cnpq.br/6127552144687091
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal do Amazonas; Instituto de Computação; BR; UFAM; Programa de Pós-graduação em Informática
• Palavras-chave em Português: Predição de estrutura de proteína; Ontologia; Reuso de conhecimento; Ferramenta Nest; Protein ontology; CIÊNCIAS EXATAS E DA TERRA: CIÊNCIA DA COMPUTAÇÃO
• Link de acesso: http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/2888

Predição de estrutura de proteína é um processo na Biologia Molecular pelo qual a estrutura 3D de uma proteína é determinada com base em estruturas já conhecidas de outras proteínas. É um processo importante porque a estrutura de uma proteína é um fator determinante para sua função na célula. Conhecendo a estrutura de uma proteína, os cientistas podem descobrir que tipo de atividade a proteína realiza na célula e criar drogas para combater doenças. O processo de predição é baseado na similaridade entre as seqüências de aminoácidos que formam proteínas: a estrutura de uma proteína alvo é predita reusando conhecimento de proteínas cujas estruturas já foram determinadas e suas seqüências de aminoácidos são similares à seqüência alvo. Portanto, reuso de conhecimento ocorre no processo de predição de estrutura de proteína, mas sem a utilização de uma ontologia de domínio. Neste trabalho, nós aplicamos uma técnica de reuso de conhecimento baseado em ontologia na predição de estrutura de proteína com o objetivo de melhorar o processo de predição em sua eficiência e qualidade das estruturas obtidas. Um experimento foi realizado no qual a técnica foi aplicada para predizer a estrutura de 286 seqüências alvo. Houve melhorias e perdas de qualidade das estruturas preditas, ao passo que um ganho de performance (tempo de execução) foi observado em 38% das seqüências alvo.