Detalhes bibliográficos
| Ano de defesa: |
2024 |
| Autor(a) principal: |
Lorenzetti, Alan Péricles Rodrigues |
| Orientador(a): |
Não Informado pela instituição |
| Banca de defesa: |
Não Informado pela instituição |
| Tipo de documento: |
Dissertação
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| Tipo de acesso: |
Acesso aberto |
| Idioma: |
por |
| Instituição de defesa: |
Não Informado pela instituição
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| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
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| Departamento: |
Não Informado pela instituição
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| País: |
Não Informado pela instituição
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| Palavras-chave em Português: |
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| Link de acesso: |
https://repositorio.uel.br/handle/123456789/15712
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Resumo: |
Resumo: Os elementos transponíveis (TEs) constituem uma grande parte dos genomas eucariotos e desempenham grande importância em sua evolução Esse componente do genoma pode atuar de diversas maneiras, seja inativando genes, alterando a expressão deles, aumentando seu número de cópias, ou até mesmo criando novas sequências nucleotídicas capazes de influenciar no funcionamento do organismo Nesse último caso, sabe-se que os TEs podem originar loci responsáveis pela transcrição de RNAs não codificantes funcionais (ncRNAs), como microRNAs (miRNAs), os quais podem atuar na regulação pós-transcricional de genes Com base nessas informações, os objetivos da primeira parte do trabalho foram a anotação de TEs de 15 genomas vegetais utilizando métodos de busca baseados em similaridade, e a procura por interseções posicionais com precursores de miRNAs anotados Os resultados obtidos permitiram a criação do Plant Transposable Element-related microRNAs Database (PlanTE-MIR DB, disponível em <http://bioinfo-toolcputfpredubr/plantemirdb/>), que agrega 152 TE-MIRs para 1 espécies vegetais e facilita o acesso às anotações por meio de uma interface amigável, disponibilizando múltiplos formatos de arquivo Boa parte desses loci produtores de pequenos ncRNAs estão relacionados a um tipo específico de TEs: os elementos transponíveis de repetição invertida em miniatura (MITEs, do inglês Miniature Inverted-Repeat Transposable Elements) Visando explorar em maior profundidade essa relação, o objetivo da segunda parte do trabalho foi realizar a busca por pequenos RNAs relacionados aos MITEs no genoma de Coffea canephora A análise revelou que aproximadamente 1,5% do genoma da espécie é composto por MITEs e que a maior parte das inserções está localizada em regiões ricas em genes Além disso, foram encontradas e classificadas 44 famílias relacionadas a pequenos RNAs, sendo pelo menos uma delas representada em ESTs A maior parte dos pequenos RNAs associados a essas famílias são de 24 nt, sugerindo a participação desses elementos na biogênese de siRNAs Esses dados trazem importantes contribuições para a compreensão da evolução genômica em plantas, fornecendo informações sobre a inter-relação entre os seus diversos componentes |
