Análise de regiões intergênicas de escherichia coli utilizando ferramentas computacionais

• Ano de defesa: 2019
• Autor(a) principal: Klauck, Hugo André
• Orientador(a): Delamare, Ana Paula Longaray
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Palavras-chave em Português: Escherichia coli; Bioinformática; DNA; RNA polimerase
• Palavras-chave em Inglês: Bioinformatics; RNA polymerases
• Link de acesso: https://repositorio.ucs.br/11338/5207

Os genes são segmentos da molécula de ácido desoxirribonucleico (DNA) que contém as informações relacionadas às funções metabólicas necessárias para a sobrevivência de um organismo. O entendimento dos mecanismos que regulam a expressão gênica e a identificação destes elementos, contribui para a compreensão da funcionalidade dos genes em diferentes espécies. O processo de transcrição de genes em bactérias se inicia através das interações entre a enzima RNA polimerase e regiões específicas no DNA chamadas promotoras, que interagindo com diferentes fatores σ, agem como reguladores chave da expressão gênica. A bioinformática através de ferramentas computacionais tem contribuído gerando inferências que auxiliam na compreensão de diversos fenômenos biológicos, entre eles a predição de elementos regulatórios, da mesma forma, o crescimento de pesquisas computacionais tem gerado grandes quantidades de dados, exigindo que as ferramentas computacionais estejam adaptadas para processamento e obtenção de resultados. O presente trabalho, utilizando regiões intergênicas extraídas do IntergenicDB, (i) verificou o desempenho de ferramentas computacionais de predição de promotores disponíveis na internet; (ii) com o uso das ferramentas computacionais, apresenta uma análise comparativa de regiões intergênicas de linhagens de E. coli (comensal e patogênicas), procurando relacionar a estrutura dos promotores com a capacidade patogênica e (iii) o desenvolvimento da integração de ferramentas de análise de sequências ao IntergenicDB através da criação de um web service.