Rela??es filogen?ticas em pererecas marsupiais (Anura: hemiphractidae) : impacto da evid?ncia total, crit?rios de otimiza??o, m?todos de alinhamento e tratamento de indels

• Ano de defesa: 2018
• Autor(a) principal: Espinosa, Lourdes Yliana Echevarr?a
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Pontif?cia Universidade Cat?lica do Rio Grande do Sul; Escola de Ci?ncias; Brasil; PUCRS; Programa de P?s Gradua??o em Ecologia e Evolu??o da Biodiversidade
• Palavras-chave em Português: Alinhamento Por Similaridade; Homologia; Indels; M?xima Verosimilhan?a; Otimiza??o Direta; Parcim?nia; Direct Optimization; Homology; Maximum Likelihood; Parsimony; Similarity-alignment; CIENCIAS BIOLOGICAS::ZOOLOGIA
• Link de acesso: http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/8925

O efeito do crit?rio de otimiza??o tem sido amplamente discutido na sistem?tica filogen?tica, especialmente em rela??o ao desempenho dos m?todos param?tricos e n?o param?tricos. Por?m, outros fatores anal?ticos menos discutidos na literatura (p. ex. alinhamento, pessagem de caracteres, codifica??o de indels, sele??o de modelos), podem ter efeitos t?o importantes como o crit?rio de otimiza??o nas an?lises de infer?ncia filogen?tica. Neste trabalho, foram utilizadas seis estrat?gias anal?ticas, combinando diferentes crit?rios de otimiza??o (Parcim?nia vs. M?xima Verosimilhan?a), m?todos de alinhamento (tree-aligment ou otimiza??o direta vs. alinhamento por similaridade), e tr?s m?todos de codifica??o de indels, para avaliar o efeito de cada uma destas vari?veis na infer?ncia das rela??es filogen?ticas de Hemiphractidae a partir de uma matriz de evid?ncia total. A matriz analisada foi constru?da principalmente por dados gerados nos mais recentes e extensos trabalhos filogeneticos de Hemiphractidae, e 219 sequ?ncias de DNA geradas neste estudo correspondentes a 10 genes mitoc?ndrias e nucleares de 30 especies de pererecas marsupiais. O conjunto de dados final incluiu, 143 terminais de Hemiphractidae, 127 terminais do grupo externo, sequ?ncias de DNA de 20 genes mitocondriais e nucleares, e 51 caracteres fenot?picos. A compara??o dos resultados das seis estrat?gias anal?ticas, mostrou que tanto o m?todo de alinhamento como o m?todo de codifica??o de indels, podem gerar diferen?as da mesma magnitude que o crit?rio de otimiza??o. Portanto, os resultados deste trabalho contribuem com evidencia emp?rica sobre o importante rol das homologias inferidas a trav?s do alinhamento, e da informa??o dos indels na infer?ncia de rela??es filogen?ticas.