[en] VELVETH-DB: A ROBUST DATABASE APPROACH FOR THE ASSEMBLY PROCESS OF BIOLOGICAL SEQUENCES

• Ano de defesa: 2016
• Autor(a) principal: MARCOS VINICIUS MARQUES DA SILVA
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: MAXWELL
• Palavras-chave em Português: [pt] BANCO DE DADOS; [pt] FRAGMENTO; [pt] GENOMA; [pt] MONTAGEM; [pt] BIOINFORMATICA; [en] DATABASE; [en] FRAGMENT; [en] ERECTION; [en] BIOINFORMATICS
• Link de acesso: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=27871&idi=1; https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=27871&idi=2; http://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.27871

[pt] Avanços tecnológicos recentes, tanto nos métodos de sequenciamento quanto nos algoritmos de montagem de fragmentos, têm facilitado a reconstrução de todo o DNA de espécies sem a necessidade de um genoma de referência. A montagem da cadeia completa envolve a leitura um grande volume de fragmentos do genoma (short reads), um desafio significativo em termos computacionais. Todos os principais algoritmos de montagem de fragmentos existentes têm como gargalo principal o alto consumo de memória principal. Consonante a isso, essa dissertação de mestrado visa estudar a implementação de um destes algoritmos, Velvet, que é amplamente usado e recomendado. A mesma possuiu um módulo, VelvetH que realiza um pré-processamento dos dados com o intuito de reduzir o consumo de memória principal. Após um estudo minucioso do código e alternativas de melhorias, foram feitas alterações pontuais e proposta uma solução com persistência de dados em memória secundária visando obter eficácia e robustez.