[en] ABSOLUTE BINDING FREE ENERGIES OF THE ANTIVIRAL PEPTIDE ATN-161 WITH PROTEIN TARGETS OF SARS-COV-2

• Ano de defesa: 2023
• Autor(a) principal: RUDIELSON DOS SANTOS SILVA
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: MAXWELL
• Palavras-chave em Português: [pt] DINAMICA MOLECULAR; [pt] COMPLEXO PROTEINA-LIGANTE; [pt] INTEGRINA; [pt] AMOSTRAGEM GUARDA-CHUVA; [pt] ANCORAGEM MOLECULAR; [pt] COVID-19; [en] MOLECULAR DYNAMICS; [en] PROTEIN-LIGAND COMPLEX; [en] INTEGRIN; [en] UMBRELLA SAMPLING; [en] MOLECULAR DOCKING; [en] COVID-19
• Link de acesso: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=62017&idi=1; https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=62017&idi=2; http://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.62017

[pt] A afinidade de ligação do pentapeptideo antiviral ATN-161 com os alvos da integrina alfa5beta1 conformações fechada e aberta, a protease principal SARSCoV-2 e a proteína S variante omicron (B.1.1.529) complexada com hACE2 foram estudados usando ancoramento molecular e simulação de dinâmica molecular. Os complexos foram formados com sucesso através do uso de simulações de ancoragem molecular, obtendo as poses de ligação ATN-161 com os alvos estudados. Subsequentemente, simulações de dinâmica molecular clássica foram executadas para investigar a estabilidade do complexo formado. Simulações de dinâmica molecular direcionada e amostragem guarda-chuva usando análise de histograma ponderado foram realizadas para obter o potencial de força média de cada sistema, e calcular a energia livre de de ligação para o ATN-161 com o sítio de ligação dos respectivos alvos. Os resultados mostram que o ATN-161 se liga à integrina alfa5beta1 em sua forma ativa e inativa, com energias livres de ligação de -14.4 mais ou menos 0.5 e -12.6 mais ou menos 0.2 kcal mol-1 , respectivamente. Além disso, o ATN-161 se liga fracamente à proteína S variante omicron complexada com hACE2 com uma energia de apenas -3.2 mais ou menos 0.3 kcal mol -1 . Entretanto, o ATN-161 apresenta maior afinidade de ligação na MPRO, computando uma energia de ligação de -17.7 mais ou menos 0.2 kcal mol-1 , indicando que este peptídeo se liga fortemente ao MPRO. Por fim, o estudo da cinética de ligação com o método tau-RAMD indica que o ATN-161 apresenta um tempo de residência relativo similar ao do ligante de referência GC376. Os tempos de residências relativos são 2,8 mais ou menos 0,4 e 2,5 mais ou menos 0,5 ns para o ATN-161 e para o GC376, respectivamente. Os resultados obtidos neste trabalho indicam um potencial candidato a fármaco contra o SARS-CoV-2, em especial para o surgimento de novas variantes do SARS-CoV-2.