[en] A STUDY OF BIOSEQUENCE DATA COMPRESSION
Ano de defesa: | 2007 |
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Autor(a) principal: | |
Orientador(a): | |
Banca de defesa: | |
Tipo de documento: | Tese |
Tipo de acesso: | Acesso aberto |
Idioma: | por |
Instituição de defesa: |
MAXWELL
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Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
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Departamento: |
Não Informado pela instituição
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País: |
Não Informado pela instituição
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Palavras-chave em Português: | |
Link de acesso: | https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9762&idi=1 https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9762&idi=2 http://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.9762 |
Resumo: | [pt] A família de algoritmos BLAST é a mais utilizada pelos biólogos para a busca de similaridade entre biosseqüências, e por esta razão, melhoras nestes algoritmos, em suas estruturas de dados ou em seus métodos de acesso à memória secundária são muito importantes para o avanço das descobertas biológicas. Nesta dissertação, foi estudada detalhadamente uma versão do programa BLAST, analisando as suas estruturas de dados e os algoritmos que as manipulam. Além disso, foram realizadas medições de desempenho com o intuito de identificar os possíveis gargalos de processamento dentro das fases de execução do BLAST. A partir das informações obtidas, técnicas de compactação de dados foram utilizadas como uma estratégia para redução de acesso à memória secundária com o objetivo de melhorar o desempenho para a execução do BLAST. Finalmente, foi gerada uma versão modificada do BLAST no ambiente Windows, na qual foi alterado diretamente o código do programa. Os resultados obtidos foram comparados com os resultados obtidos na execução do algoritmo original. |