[en] A STUDY OF BIOSEQUENCE DATA COMPRESSION

• Ano de defesa: 2007
• Autor(a) principal: JANAINA OLEINIK MOURA ROSA
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: MAXWELL
• Palavras-chave em Português: [pt] BIOINFORMATICA; [pt] COMPACTACAO; [en] BIOINFORMATICS; [en] COMPACTION
• Link de acesso: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9762&idi=1; https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=9762&idi=2; http://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.9762

[pt] A família de algoritmos BLAST é a mais utilizada pelos biólogos para a busca de similaridade entre biosseqüências, e por esta razão, melhoras nestes algoritmos, em suas estruturas de dados ou em seus métodos de acesso à memória secundária são muito importantes para o avanço das descobertas biológicas. Nesta dissertação, foi estudada detalhadamente uma versão do programa BLAST, analisando as suas estruturas de dados e os algoritmos que as manipulam. Além disso, foram realizadas medições de desempenho com o intuito de identificar os possíveis gargalos de processamento dentro das fases de execução do BLAST. A partir das informações obtidas, técnicas de compactação de dados foram utilizadas como uma estratégia para redução de acesso à memória secundária com o objetivo de melhorar o desempenho para a execução do BLAST. Finalmente, foi gerada uma versão modificada do BLAST no ambiente Windows, na qual foi alterado diretamente o código do programa. Os resultados obtidos foram comparados com os resultados obtidos na execução do algoritmo original.