Uma nova representação para o problema da estrutura de proteínas em grades

• Ano de defesa: 2008
• Autor(a) principal: Pedro, Luciana Rocha
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Laboratório Nacional de Computação Científica; Serviço de Análise e Apoio a Formação de Recursos Humanos; BR; LNCC; Programa de Pós-Graduação em Modelagem Computacional
• Palavras-chave em Português: Otimização combinatória; Modelos de grade; Algoritmos genéticos; estruturas de proteínas; CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO
• Link de acesso: https://tede.lncc.br/handle/tede/104

Encontrar a estrutura de uma proteína arbitrária é vital para a compreensão da funcionalidade desta proteína. Muitos modelos foram desenvolvidos para a predição em primeiros princípios, entre eles modelos de grades. Em modelos de grades, cada aminoácido ocupa uma posição da grade, com aminoácidos consecutivos ocupando posições adjacentes. Uma possível conformação da proteína é dada por um caminho nesta grade. Em uma grade, temos várias formas de codificar computacionalmente uma seqüência de aminoácidos. O método mais usado é o de coordenadas internas, mas também encontramos na literatura codificações por coordenadas cartesianas e ângulos de torção. Neste trabalho, introduzimos uma nova codificação dos dados para modelos de grades. Nesta codificação, uma proteína com n aminoácidos é configurada como uma seqüência numérica, com valores variando entre 0 e no caso bidimensional e e no caso tridimensional. Nesta grade, os possíveis movimentos para cada aminoácido são intuitivos e correspondem a somar e subtrair 1 e n no caso bidimensional e , e no caso tridimensional. Para exemplificarmos o desenvolvimento desta nova codificação, desenvolvemos um algoritmo genético específico para o problema de predição da estrutura da proteína (PSP). Analisamos o desenvolvimento deste algoritmo em quatro modelos, , , e , e realizamos testes com proteínas encontradas na literatura e no Protein Data Bank.