Sistema de comparação de genomas de procariotos- SCGP

• Ano de defesa: 2011
• Autor(a) principal: Souza, Celso Rangel
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Laboratório Nacional de Computação Científica; Coordenação de Pós-Graduação e Aperfeiçoamento (COPGA); Brasil; LNCC; Programa de Pós-Graduação em Modelagem Computacional
• Palavras-chave em Português: Bioinformática; Genomas de procarioto; CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERAL
• Link de acesso: https://tede.lncc.br/handle/tede/298

A disponibilidade de genomas completos e parciais de procariotos tem aumentado exponencialmente nos bancos de dados biológicos públicos devido as mudanças das técnicas de sequenciamento de genomas nos últimos anos. Há dois anos, após a instalação de uma infra-estrutura de sequenciamento de DNA, o Laboratório de Bioinformática do Laboratório Nacional de Computação Científica ingressou nessa era de sequenciamento em grande escala. As análises genômicas in-silico utilizam-se dessas sequências produzidas com os mais diversos fins, como, por exemplo, a análise comparativa de genomas, estudos de vias metabólicas, análises filogenéticas dentre outras. Soma-se também ao fato de que a maior oferta de genomas de organismos filogeneticamente próximos pode facilitar inferências biológicas, mas demanda o desenvolvimento de ferramentas que facilitem e agilizem a anotação e a comparação dos genes. vii O SCGP - Sistema de Comparação de Genomas de Procariotos agrupa todos os possíveis genes ortólogos a partir de um conjunto de genomas, armazena- os em um banco de dados, permite consultas de genomas selecionados, utilizando dados da anotação como produto, nome de gene, sinônimo e sequência de aminoácidos. A partir dos clusters gerados é possível inferir informações sobre genes comuns entre os genomas estudados, ordem gênica e classificação funcional. O sistema ainda permite fácil atualização, adicionando novos genomas em uma comparação já existente. Para validação do sistema foram usados 19 genomas da ordem Mycoplasmatales. Foi possível realizar buscas por informações de similaridade e alinhamento de sequências e o método de análise dos agrupamentos gerados, permitiu o acesso à lista de grupos de sequências homólogas, identificando possíveis relações evolutivas, estruturais e funcionais existente entre os genomas estudados.