Desenvolvimento de protocolo, in silico, visando avaliação da interface entre um fragmento de anticorpo e o CD22, para aplicação em CAR-T cell

• Ano de defesa: 2024
• Autor(a) principal: Soares de Queiroz, Alice
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal do Ceará; Departamento de Engenharia da Pesca; Brasil; Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia de Recursos Naturais
• Palavras-chave em Português: CARs anti-CD22; scFvs de M971; Dinâmica molecular; MM/PBSA; Ciências Biológicas
• Link de acesso: http://repositorio.ufc.br/handle/riufc/78727; https://deposita.ibict.br/handle/deposita/692

A terapia por células CAR-T é uma imunoterapia que objetiva alcançar a remissão de diversos tipos de câncer, como a Leucemia Linfoide Aguda (LLA). A terapia inclui a etapa de expressão de um Receptor Quimérico de Antígeno (CAR) em Célula T do paciente, o qual possui a função de redimensionar a ação celular, tornando-a capaz de reconhecer antígenos específicos na superfície de células tumorais, como o CD22. A estrutura do CAR é composta por vários domínios, entre eles o responsável pelo reconhecimento antigênico como o fragmento variável de cadeia única (scFv), que é formado pelos domínios VL e VH de um anticorpo, ligados por uma sequência de residuos denominada linker. Foram publicados resultados de ensaios clínicos de dois CARs anti-CD22, denominados de CARs de scFv de linker curto e longo, ambos usando o VH e VL de M971, sendo identificado que o scFv curto tem maior afinidade ao CD22 que o scFv longo. O objetivo deste trabalho foi compreender as diferenças estruturais do scFv e CD22, na interface scFv/CD22 com o CD22 conectado à modelo de membrana lipídica, desenvolvendo um protocolo, in silico com capacidade preditiva, para ser utilizado na proposição de mutações efetivas para desenvolver novos CARs. Simulações de Dinâmica Molecular (DM) foram executadas e a trajetória analisada, para investigar a energia livre de ligação (ΔGligação) entre o CD22 e os scFvs. O fragmento Fab de M971 e os domínios D6-D7 do CD22 estão depositados no PDB, cód. 7O52 e foram usados para gerar os modelos 3D, submetidos às simulações em solução aquosa e bicamada lipídica. Os complexos scFv/CD22 foram construídos, sumulados e avaliados estrutura e energeticamente. Os sistemas scFv/CD22 em bicamada foram simulados em triplicata. Como resultado, foi observado que scFv/CD22 de linker curto e longo mostraram estabilidade estrutural diferentes entre si e em solução aquosa, mas semelhantes quando em ambiente de membrana celular. Os ΔGligação médios entre scFv/CD22 estão próximos do ΔGligação experimental, somente quando em modelo membrana lipídica. Os resultados alcançados geraram um protocolo que pode ser usado para proposição de mutações, a serem testadas in silico, para prosseguir com maior velocidade e qualidade aos testes in vitro e in vivo, propondo novos CARs, mais efetivos para terapia celular CAR-T Cell.