Caracterização do plasmídeo pVCM 04 extraídos de Salmonella enterica isolada de carcaçãs de frangos
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| Publication Date: | 2010 |
| Format: | Doctoral thesis |
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| Source: | Repositório Institucional da UFG |
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Summary: | A small cryptic plasmid isolated from Salmonella enterica Enteritidis called pVCM04 was sequenced and characterizated. pVCM04 is a 3583 pb circle molecule that showed no homology with other plasmids deposited in the GenBank. 12 ORF with more than 50 aminoacids were predicted using the ORF finder program. ORF1 and ORF2 showed homology with replication proteins of different plasmids. ORF 3-5 showed homology with mobilization proteins present in several plasmids; the others seven ORF showed no homology with genes deposited in GenBank. The pVCM04 possess a region with more than 500 pb that is not associated with none of the predicted proteins. This region is organizated in a G+C rich, A+T rich and two repeat direct sequences. The second repeat direct sequence contains a region of DnaA box connection (TTTACAC). This region is probably associated to the replication origin theta type. The phylogenetic relationship among replicase and mobilization deduced protein showed highest similarity of replicase proteins than mobilization proteins. Conjugation experiments showed that the pVCM04/pUC18 fusion not have a good ability to transfer, the plasmid stability test showed that the cells lost 60% of pVCM04/pUC18 on the first day of cultivation. The characterization suggests that the pVCM04 probably would be a cryptic plasmid from fusion of different ancestral plasmid. |
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The pVCM04 possess a region with more than 500 pb that is not associated with none of the predicted proteins. This region is organizated in a G+C rich, A+T rich and two repeat direct sequences. The second repeat direct sequence contains a region of DnaA box connection (TTTACAC). This region is probably associated to the replication origin theta type. The phylogenetic relationship among replicase and mobilization deduced protein showed highest similarity of replicase proteins than mobilization proteins. Conjugation experiments showed that the pVCM04/pUC18 fusion not have a good ability to transfer, the plasmid stability test showed that the cells lost 60% of pVCM04/pUC18 on the first day of cultivation. The characterization suggests that the pVCM04 probably would be a cryptic plasmid from fusion of different ancestral plasmid.Um pequeno plasmídeo críptico isolado de Salmonella enterica Enteretidis denominado pVCM04 foi sequênciado e caracterizado. O pVCM04 é uma molécula circular com 3583 pb a qual não apresenta homologia com outros plasmídeos depositados no GenBank . 12 ORF ( Open Read Frame ) com mais de 50 aminoácidos foram preditas usando o programa ORFinder. A ORF1 e a ORF2 apresentaram homologia com proteínas de replicação de diferentes plasmídeos. As ORF 3, 4 e 5 apresentaram homologia com proteínas de mobilização presente em vários plasmídeos; as outras sete ORF não apresentaram homologia com genes depositados no GenBank . O pVCM04 possui uma região, com mais de 500 pb, que não está associada a nenhuma das proteínas preditas. Esta região está organizada em uma sequência rica em G+C, A+T e duas sequências repetidas diretas. A segunda sequência repetida direta contém uma sequência de ligação para a proteína DnaA (TTTACAC). Esta região está provavelmente associada com a origem de replicação do tipo theta. As relações filogenéticas para as proteínas deduzidas replicase e de mobilização mostraram maior similaridade para proteínas replicase do que para proteínas de mobilização. Experimentos de conjugação evidenciaram que a fusão pVCM04⁄pUC18 não possui uma boa capacidade de transferência; o teste de estabilidade plasmidial demonstrou que as células perdem 60% do pVCM04⁄pUC18 no primeiro dia de cultivo. A caracterização do pVCM04 sugere que este plasmídeo provavelmente seja um plasmídeo críptico oriundo de diferentes ancestrais.application/pdfhttp://repositorio.bc.ufg.br/TEDE/retrieve/3547/Lilian%20CARLA%20CARNEIRO%20Tese.pdf.jpgporUniversidade Federal de GoiásDoutorado em BiologiaUFGBRCiencias BiologicasPlasmídeoSalmonella entericaconjugação1.Salmonella enterica 2.plasmídeo 3.Salmonelose aviáriaplasmidSalmonella entericaconjugationCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOQUIMICA::BIOLOGIA MOLECULARCaracterização do plasmídeo pVCM 04 extraídos de Salmonella enterica isolada de carcaçãs de frangosCharacterization of the plasmid extracted pVCM 04 of Salmonella enterica isolated from chicken carcassesinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFGinstname:Universidade Federal de Goiás (UFG)instacron:UFGORIGINALLilian CARLA CARNEIRO Tese.pdfapplication/pdf936824http://repositorio.bc.ufg.br/tede/bitstreams/7d784e1b-53c5-43d8-a2bb-09c0dfe16603/downloade49c7ff122a0392ea9e5120fd05064edMD51TEXTLilian CARLA CARNEIRO Tese.pdf.txtLilian CARLA CARNEIRO Tese.pdf.txtExtracted Texttext/plain155508http://repositorio.bc.ufg.br/tede/bitstreams/b2584abe-a844-4c61-8ce9-1f31c5af3e1c/downloadc567d75c0e6fee9f5b1864cd33de4f4fMD52THUMBNAILLilian CARLA CARNEIRO Tese.pdf.jpgLilian CARLA CARNEIRO Tese.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1943http://repositorio.bc.ufg.br/tede/bitstreams/65dceb2c-ae93-4168-8812-6c663d2bcd18/downloadcc73c4c239a4c332d642ba1e7c7a9fb2MD53tde/10102014-07-30 03:06:23.423open.accessoai:repositorio.bc.ufg.br:tde/1010http://repositorio.bc.ufg.br/tedeRepositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.bc.ufg.br/tedeserver/oai/requestgrt.bc@ufg.bropendoar:oai:repositorio.bc.ufg.br:tede/12342014-07-30T06:06:23Repositório Institucional da UFG - Universidade Federal de Goiás (UFG) |
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