Alinhamentos globais de duas sequências genéticas: resultados ótimos em espaço linear

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Costacurta, Matheus
Data de Publicação: 2019
Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT))
Texto Completo: http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/15987
Resumo: Bioinformatics is an application of computational, statistical and mathematical techniques for the analysis, interpretation and control of biological data, mainly related to genetics. A frequent tasks in this area is the sequence alignment, which uses a cost function to present an optimum alignment between related sequences. This task is frequent since it is used to compare genetic material and to construct the taxonomy of living beings. The space complexity of the known exact algorithms to present more than one optimum alignment between two genetic sequences is (), where and are the sizes of the two sequences given by the number of base pairs. This space complexity may be unwanted, since the size of the sequences can reach millions of bases. Hence, many authors use heuristics, more efficient in the use of space, but without the certainty of optimality. This work, however, aims to develop a linear space complexity exact algorithm to find more than one optimum alignment between two genetic sequences.
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spelling Alinhamentos globais de duas sequências genéticas: resultados ótimos em espaço linearGlobal alignments of two genetic sequences: optimal results in linear spaceBioinformáticaComplexidade computacionalAlgorítmosBioinformaticsComputational complexityAlgorithmsCNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAOBioinformatics is an application of computational, statistical and mathematical techniques for the analysis, interpretation and control of biological data, mainly related to genetics. A frequent tasks in this area is the sequence alignment, which uses a cost function to present an optimum alignment between related sequences. This task is frequent since it is used to compare genetic material and to construct the taxonomy of living beings. The space complexity of the known exact algorithms to present more than one optimum alignment between two genetic sequences is (), where and are the sizes of the two sequences given by the number of base pairs. This space complexity may be unwanted, since the size of the sequences can reach millions of bases. Hence, many authors use heuristics, more efficient in the use of space, but without the certainty of optimality. This work, however, aims to develop a linear space complexity exact algorithm to find more than one optimum alignment between two genetic sequences.A Bioinformática é a aplicação de técnicas computacionais, matemáticas e estatísticas para analisar, interpretar e processar dados biológicos, principalmente dados relacionados a genética. Uma tarefa frequente nessa área é o alinhamento de sequências, que utiliza uma função de custo para apresentar o alinhamento ótimo entre sequências relacionadas. Esta tarefa é frequente por ser utilizada para comparação de material genético e construção da taxonomia de seres vivos. A complexidade de espaço dos algoritmos exatos conhecidos que apresentam mais que um alinhamento ótimo entre duas sequências genéticas é (), sendo e os tamanhos das duas sequências em pares de bases. Essa complexidade de espaço pode ser indesejada, visto que o tamanho das sequências pode chegar a milhões de bases. Por isso, muitos autores utilizam heurísticas, mais eficientes no uso do espaço, porém sem a garantia de uma solução ótima. O presente trabalho, contudo, tem como objetivo desenvolver um algoritmo exato com complexidade de espaço linear para encontrar mais que um alinhamento ótimo entre duas sequências genéticas.Universidade Tecnológica Federal do ParanáPonta GrossaBrasilDepartamento Acadêmico de InformáticaCiência da ComputaçãoUTFPRZatesko, Leandro MirandaAlmeida, Sheila Morais deZatesko, Leandro MirandaCarmo, Renato José da SilvaMaciel, Denise do RocioCostacurta, Matheus2020-11-19T18:24:53Z2020-11-19T18:24:53Z2019-11-25info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisapplication/pdfCOSTACURTA, Matheus. Alinhamentos globais de duas sequências genéticas: resultados ótimos em espaço linear. 2019. Trabalho de Conclusão de Curso (Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Ponta Grossa, 2019.http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/15987porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT))instname:Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR)instacron:UTFPR2020-11-19T18:24:53Zoai:repositorio.utfpr.edu.br:1/15987Repositório InstitucionalPUBhttp://repositorio.utfpr.edu.br:8080/oai/requestriut@utfpr.edu.br || sibi@utfpr.edu.bropendoar:2020-11-19T18:24:53Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR)false
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