Genoma de Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae: montagem, anotação e busca por efetores relacionados à bacteriose

• Main Author: Maciel, Agnes de Oliveira
• Publication Date: 2025
• Format: Master thesis
• Language: por
• Source: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Download full: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-09052025-154634/
• topic: Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae; Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae; Bacteriose; Bacteriosis; Genoma; Genome; Oxford Nanopore Technologies; Oxford Nanopore Technologies; TALEs; TALEs

O gênero Xanthomonas spp. inclui as mais importantes bactérias fitopatogênicas, capazes de infectar mais de 400 espécies vegetais. A bactéria Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae (Xap) é responsável por causar perdas significativas em lavouras de maracujás, resultando em prejuízos econômicos aos agricultores, devido à ausência de controle químico eficaz. A compreensão da base molecular desse patógeno é essencial para identificar os genes envolvidos na virulência, possibilitando o desenvolvimento de estratégias via edição gênica para produção de cultivares resistentes à Xap. Neste estudo, realizamos a primeira montagem e anotação do genoma de Xap M-129, utilizando o sequenciamento de terceira geração Oxford Nanopore MinIon, que permitiu explorar a arquitetura genômica, identificar elementos genéticos móveis e efetores relacionados à virulência. O genoma de Xap é composto por um cromossomo de 5 Mb e cinco plasmídeos, dos quais dois apresentam três efetores TALEs AvrBs3, além de genes Hrp (relacionados ao T3SS) e genes VirB (relacionados ao T4SS), ambos associados à transferência de genes de virulência e na patogenicidade. Com a obtenção do genoma foi construída a primeira árvore filogenética MLSA com sequências de X. axonopodis e com a inclusão do patovar passiflorae, permitindo identificar sua proximidade com X. axonopodis Xac29-1. Para investigar a relação dos efetores TALEs com a incidência de bacteriose em plantas de Passiflora alata (maracujá-doce), foram utilizadas ferramentas computacionais para identificação das sequências de resíduos variáveis (RVDs) dos três efetores e analisadas na ferramenta PrediTALE presente no software AnnoTALE. As sequências RVDs foram comparadas com os genes expressos em P. alata durante a infecção por Xap, SWEET10 e LOB1. Os resultados obtidos in silico demonstraram que os efetores AvrBs3 apresentam alta compatibilidade com os genes expressos na planta, desencadeando sua expressão e contribuindo para a suscetibilidade e progressão da doença em plantas suscetíveis. Este estudo fornece informações valiosas para a compreensão da interação molecular Xap-P. alata e para o desenvolvimento de estratégias de manejo para a bacteriose.