Análise de redes complexas do transcriptoma de células epiteliais do tecido brônquico primário com fibrose cística e associação com rinovírus

• Autor(a) principal: Sauda, Matheus Rodrigues
• Data de Publicação: 2023
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UNESP
• Texto Completo: https://hdl.handle.net/11449/251936
• topic: Bioinformática; Trancriptoma; RNA-Seq; Fibrose cística

A Fibrose Cística é uma doença autossômica recessiva que afeta cerca de 70.000 pessoas por ano no mundo e 1 a cada 7.576 nativivos no Brasil. A mutação altera o gene responsável por codificar a proteína responsável pela condutância de cloro nas células epiteliais e há diferenças no tipo de mutação ocorrida no gene, sendo caracterizada em alterações que podem variar desde a síntese de proteínas incompletas ou truncadas até a não expressão proteica. O quadro clínico de pacientes com Fibrose Cística inclui a produção em excesso de secreções nas vias aéreas e episódios de exacerbação, que abrangem tosse e dispneia. A associação comum entre vírus oportunistas e Fibrose Cística conduziu ao estudo realizar transcriptomas de células do epitélio brônquico primário em pacientes infantis com a doença e associação ou não de Rinovírus. O objetivo do projeto foi o de reanalizar os transcriptomas obtidos pelo artigo “RNA sequencing of primary bronchial airway epitelial cells from young children with and without CF, including those with and without rhinovirus infection in vitro” e também conduzir análises em redes complexas. A reanálise foi realizada utilizando linguagens de programação como R e Python e uso de banco de dados como o BioGRID e Uniprot, obtendo um comparativo com os valores de contagens de genes dos grupos estabelecidos: Controle - Pacientes sem Fibrose Cística e sem Rinovírus (A); Pacientes sem Fibrose Cística e com Rinovírus (B); Pacientes com Fibrose Cística e sem Rinovírus (C); Pacientes com Fibrose Cística e com Rinovírus (D). Os resultados revelaram vias enriquecidas como a de morte celular, regulação do metabolismo de proteínas e biossíntese de RNA quando há a presença do Rinovírus nas amostras. Cabe salientar que a reanálise obteve uma via enriquecida de regulação positiva da sinalização de proteínas, não presente de forma direta em literaturas que envolvem a presença de Rinovírus em pacientes com a doença e em amostras de pacientes com doenças respiratórias, que pode servir de auxilio em pesquisas futuras envolvendo os genes enriquecidos na comparação. Além disso, vias de reparo do DNA no ciclo mitótico também foram enriquecidas e mostram-se, na literatura, como um desafio para a tecnologia de reparo do material genético.