Região promotora e codificadora no gene HLA-E: estrutura, variabilidade e haplótipos - Ramalho, Jaqueline [UNESP] (2017)
Os genes do Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) codificam moléculas envolvidas com a regulação do sistema imune, participando do reconhecimento do que é próprio ou estranho ao indivíduo. O gene HLA-E, parte do MHC, é caracterizado por apresentar baixa, porém, ampla expressão pelos tecidos do corpo. O HLA-E é extremamente conservado e um dos menos polimórficos entre os genes HLA de classe I. A principal função da molécula HLA-E está relacionada ao mecanismo de imunovigilância, através da interação com receptores de células Natural Killer e linfócitos T. Pontos de variação nas regiões regulatórias e codificadora de HLA-E podem alterar sua função através da modificação da expressão gênica ou estrutura da molécula codificada, influenciando a interação com peptídeos e receptores. O presente trabalho propôs a avaliação da variabilidade do segmento estendido do gene HLA-E, incluindo promotor e íntrons, e estrutura de haplótipos por meio de sequenciamento de nova geração ou sequenciamento massivo paralelo. A metodologia foi aplicada para avaliação da variabilidade de 420 amostras do Estado de São Paulo. Considerando um segmento de mais de 7kb, o gene HLA-E mostrou-se conservado, apresentando poucas sequências diferentes e frequentes. Ao todo, 63 pontos de variação foram encontrados e caracterizados em 75 haplótipos estendidos. Foram encontrados 37 haplótipos de região promotora, porém apenas 10 apresentam frequência superior a 1%. Para a região codificadora, foram encontrados 27 haplótipos, sendo que 15 caracterizam novos alelos HLA-E. No entanto, duas das moléculas codificadas, representadas pelos alelos do tipos E*01:01 e E*01:03, correspondem a mais de 90% de todas as sequências. Essa característica reforçou a conservação da região codificadora, na qual a maioria dos pontos de variação ocorreram em segmentos regulatórios e íntrons, ou caracterizavam mutações sinônimas em éxons. Na região 3’ não traduzida, 12 haplótipos foram encontrados, porém cerca de 90% das sequências são representadas por apenas dois haplótipos, 3UTR-1 e 3UTR-2. A diversidade nucleotídica foi maior no segmento promotor do que na região codificadora e 3’ não traduzida. Também foi observado fraco desequilíbrio de ligação ao longo de HLA-E, provavelmente devido a presença de diversos elementos Alu que pode influencia a taxa de recombinação entre os segmentos e, por causa disso, um mesmo haplótipo regulatório pode ocorrer associado a diferentes sequências de codificadora. Análises futuras relacionados a ligação de fatores de transcrição e RNAs não codificadores são necessárias para averiguar se essas variações influenciariam o perfil de expressão do gene.