Simulação de espalhamento de doenças em animais de produção: tradução do modelo na linguagem R para Python na plataforma PDSA-RS
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| Data de Publicação: | 2024 |
| Tipo de documento: | Dissertação |
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| Título da fonte: | Manancial - Repositório Digital da UFSM |
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| Texto Completo: | http://repositorio.ufsm.br/handle/1/33356 |
Resumo: | The control and prevention of livestock diseases play a crucial role in safeguarding business continuity, in this context simulations for disease prevention and control are vital to mitigate future epidemics. In this sense, simulation systems can be an effective tool in simulating different forms of disease spread through the configuration of parameters that allow testing different prevention measures. This work aimed to assist in the model translation proposed by Cárdenas (2022) that simulates the spread of the disease AFTOSA (Foot and Mouth Disease) FMD in production animals and embark this model on the Animal Health Defense Platform of the State of Rio Grande do Sul (PDSA -RS). The stochastic model was developed in R; however, given the large amount of data and the intense processing of stochastic functions that simulate spreading and control actions, optimization was necessary. The model was translated into Python using packages focused on data analysis, aiming to speed up the system's execution time. Experiments were carried out comparing high computational cost functions executed in the R model in comparison with the new proposal implemented in Python. The results showed that rewriting the code in Python brings advantages such as runtime performance and file reading. |
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Simulação de espalhamento de doenças em animais de produção: tradução do modelo na linguagem R para Python na plataforma PDSA-RSSimulation of disease spread in production animals: translation of the model from the R language to Python on the PDSA-RS platformPythonSimulação de espalhamento de doençaSistemas inteligentesPDSA-RSDisease spreading simulationIntelligent systemCNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAOThe control and prevention of livestock diseases play a crucial role in safeguarding business continuity, in this context simulations for disease prevention and control are vital to mitigate future epidemics. In this sense, simulation systems can be an effective tool in simulating different forms of disease spread through the configuration of parameters that allow testing different prevention measures. This work aimed to assist in the model translation proposed by Cárdenas (2022) that simulates the spread of the disease AFTOSA (Foot and Mouth Disease) FMD in production animals and embark this model on the Animal Health Defense Platform of the State of Rio Grande do Sul (PDSA -RS). The stochastic model was developed in R; however, given the large amount of data and the intense processing of stochastic functions that simulate spreading and control actions, optimization was necessary. The model was translated into Python using packages focused on data analysis, aiming to speed up the system's execution time. Experiments were carried out comparing high computational cost functions executed in the R model in comparison with the new proposal implemented in Python. The results showed that rewriting the code in Python brings advantages such as runtime performance and file reading.O controle e prevenção de doenças pecuárias desempenham um papel crucial na salvaguarda da continuidade dos negócios, neste contexto simulações para prevenção e controle de doenças são vitais para mitigar futuras epidemias. Neste sentido, os sistemas de simulação podem ser uma ferramenta eficaz na simulação de diferentes formas de propagação de doenças através da configuração de parâmetros que permitem testar diferentes medidas de prevenção. Este trabalho teve como objetivo auxiliar os membros que estão trabalhando na tradução do modelo proposto por Cárdenas (2022) que simula espalhamento da doença AFTOSA (Foot and Mouth Disease) FMD em animais de produção utilizando os dados da da Plataforma de Defesa Sanitária Animal do Estado do Rio Grande do Sul (PDSA-RS). O modelo estocástico foi desenvolvido em R; porém, dada a grande quantidade de dados e o intenso processamento de funções estocásticas que simulam ações de espalhamento e controle, foi necessária a otimização. O presente trabalhou auxiliou na avaliação da linguagem Python utilizando pacotes focados em análise de dados, visando agilizar o tempo de execução do sistema. Foram realizados experimentos comparando funções de alto custo computacional executadas no modelo R em comparação com a nova proposta implementada em Python. Os resultados mostraram que reescrever o código em Python traz vantagens como desempenho em tempo de execução e leitura de arquivos.Universidade Federal de Santa MariaBrasilCiência da ComputaçãoUFSMPrograma de Pós-Graduação em Ciência da ComputaçãoCentro de TecnologiaMachado, Alencarhttp://lattes.cnpq.br/5538050121450638Trois , CelioMaran, ViniciusCardenas, Nicolas CespedesSchneider, Rodrigo2024-11-12T12:34:09Z2024-11-12T12:34:09Z2024-10-18info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://repositorio.ufsm.br/handle/1/33356ark:/26339/001300001c3tbporAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internationalinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Manancial - Repositório Digital da UFSMinstname:Universidade Federal de Santa Maria (UFSM)instacron:UFSM2024-11-12T12:34:32Zoai:repositorio.ufsm.br:1/33356Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttps://repositorio.ufsm.br/PUBhttps://repositorio.ufsm.br/oai/requestatendimento.sib@ufsm.br||tedebc@gmail.com||manancial@ufsm.bropendoar:2024-11-12T12:34:32Manancial - Repositório Digital da UFSM - Universidade Federal de Santa Maria (UFSM)false |
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The control and prevention of livestock diseases play a crucial role in safeguarding business continuity, in this context simulations for disease prevention and control are vital to mitigate future epidemics. In this sense, simulation systems can be an effective tool in simulating different forms of disease spread through the configuration of parameters that allow testing different prevention measures. This work aimed to assist in the model translation proposed by Cárdenas (2022) that simulates the spread of the disease AFTOSA (Foot and Mouth Disease) FMD in production animals and embark this model on the Animal Health Defense Platform of the State of Rio Grande do Sul (PDSA -RS). The stochastic model was developed in R; however, given the large amount of data and the intense processing of stochastic functions that simulate spreading and control actions, optimization was necessary. The model was translated into Python using packages focused on data analysis, aiming to speed up the system's execution time. Experiments were carried out comparing high computational cost functions executed in the R model in comparison with the new proposal implemented in Python. The results showed that rewriting the code in Python brings advantages such as runtime performance and file reading. |
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