BigASystem : uma ferramenta bioinformática para identificação genética humana e banco de dados
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| Data de Publicação: | 2021 |
| Tipo de documento: | Tese |
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| Texto Completo: | https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/42221 |
Resumo: | Almejando praticidade e credibilidade em suas análises, as ferramentas bioinformáticas para análise estatística de identificação humana estão cada vez mais comuns na rotina de um geneticista forense. Porém, apesar dos notáveis avanços, ainda são insuficientes, já que não possibilitam em uma única ferramenta a identificação forense e o teste de paternidade com base nos tipos de marcadores genéticos (microssatélites autossômicos e do cromossomo Y) mais utilizados na rotina básica genética forense e a obtenção de valores de frequências alélicas e haplotípicas. Esses valores probabilísticos, alcançados a partir da validação de um banco de dados populacional, são indispensáveis na estatística forense. O BigASystem (dataBase and human Identification Genetic Analysis System) foi implementado com o intuito de atender estas necessidades. Para tanto, montou-se um banco de dados a partir de dados genéticos de locos microssatélites autossômicos e do cromossomo Y. Os algoritmos foram implementados a partir da linguagem de programação Python e posteriormente validados seguindo as normas da ISO17025 e da Sociedade Internacional de Genética Forense. O software BigASystem é constituído de dois módulos correspondentes a cada um dos tipos de dados genéticos. Cada módulo disponibiliza duas funções: uma voltada para validação de banco de dados populacional e outra voltada para a estatística de identificação humana. A validação de todos os módulos ocorreu conforme o esperado, tendo sido observado que os resultados gerados pelo BigASystem foram semelhantes àqueles obtidos com diferentes ferramentas de análise. O BigASystem garante as funções mais básicas para um laboratório forense de rotina e pesquisa, viabilizando o seu uso em análises de determinação de paternidade/maternidade, de identificação forense de indivíduos e de genética de populações. |
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BigASystem : uma ferramenta bioinformática para identificação genética humana e banco de dadosGenética forenseBioinformáticaBanco de dadosAlmejando praticidade e credibilidade em suas análises, as ferramentas bioinformáticas para análise estatística de identificação humana estão cada vez mais comuns na rotina de um geneticista forense. Porém, apesar dos notáveis avanços, ainda são insuficientes, já que não possibilitam em uma única ferramenta a identificação forense e o teste de paternidade com base nos tipos de marcadores genéticos (microssatélites autossômicos e do cromossomo Y) mais utilizados na rotina básica genética forense e a obtenção de valores de frequências alélicas e haplotípicas. Esses valores probabilísticos, alcançados a partir da validação de um banco de dados populacional, são indispensáveis na estatística forense. O BigASystem (dataBase and human Identification Genetic Analysis System) foi implementado com o intuito de atender estas necessidades. Para tanto, montou-se um banco de dados a partir de dados genéticos de locos microssatélites autossômicos e do cromossomo Y. Os algoritmos foram implementados a partir da linguagem de programação Python e posteriormente validados seguindo as normas da ISO17025 e da Sociedade Internacional de Genética Forense. O software BigASystem é constituído de dois módulos correspondentes a cada um dos tipos de dados genéticos. Cada módulo disponibiliza duas funções: uma voltada para validação de banco de dados populacional e outra voltada para a estatística de identificação humana. A validação de todos os módulos ocorreu conforme o esperado, tendo sido observado que os resultados gerados pelo BigASystem foram semelhantes àqueles obtidos com diferentes ferramentas de análise. O BigASystem garante as funções mais básicas para um laboratório forense de rotina e pesquisa, viabilizando o seu uso em análises de determinação de paternidade/maternidade, de identificação forense de indivíduos e de genética de populações.CAPESAiming for practicality and credibility in their analyses, bioinformatics tools for statistical analysis of human identification are increasingly common in the routine of a forensic geneticist. However, despite the remarkable advances, they are still insufficient, as they do not allow forensic identification and paternity testing based on the types of genetic markers (autosomal microsatellites and the Y chromosome) most used in basic routine forensic genetics and obtaining allelic and haplotype frequency values. These probabilistic values, reached from the validation of a population database, are indispensable in forensic statistics. The BigASystem (dataBase and human Identification Genetic Analysis System) was implemented in order to meet these needs. For this purpose, a database was set up based on genetic data from autosomal microsatellite loci and the Y chromosome. The algorithms were implemented using the Python programming language and later validated following the standards of ISO17025 and the International Society of Forensic Genetics. The BigASystem software consists of two modules corresponding to each type of genetic data. Each module provides two functions: one focused on population database validation and the other focused on human identification statistics. The validation of all modules took place as expected, and it was observed that the results generated by BigASystem were similar to those obtained with different analysis tools. BigASystem ensures the most basic functions for a routine forensic laboratory and research, enabling its use in paternity/maternity determination, forensic identification of individuals and population genetics analyses.Universidade Federal de PernambucoUFPEBrasilPrograma de Pos Graduacao em Ciencias BiologicasBALBINO, Valdir de QueirozPAIVA JÚNIOR, Sérgio de Sá Leitãohttp://lattes.cnpq.br/0424299494364835http://lattes.cnpq.br/1280123047954585SILVA, Abigail Marcelino dos Santos2021-12-14T11:39:50Z2021-12-14T11:39:50Z2021-07-21info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfSILVA, Abigail Marcelino dos Santos. BigASystem: uma ferramenta bioinformática para identificação genética humana e banco de dados. 2021. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Pernambuco, Recife, 2021.https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/42221ark:/64986/001300000frzbporinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPE2021-12-15T05:13:10Zoai:repositorio.ufpe.br:123456789/42221Repositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufpe.br/oai/requestattena@ufpe.bropendoar:22212021-12-15T05:13:10Repositório Institucional da UFPE - Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)false |
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