Avaliação do uso de paralelismo em Python para um preditor de interações atômicas de estruturas tridimencionais de proteínas

• Autor(a) principal: Pequeno, Alielson Ferreira
• Data de Publicação: 2023
• Tipo de documento: Trabalho de conclusão de curso
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UFPB
• Texto Completo: https://repositorio.ufpb.br/jspui/handle/123456789/31483
• topic: CNPQ::OUTROS; Bioinformática estrutural; Proeômica; Multiprocessamento; Python

Com os avanços tecnológicos alcançados na área da computação, o paralelismo vem consequentemente sendo cada vez mais utilizado. Nesse contexto, ferramentas que calculam distância e interações atômicas, normalmente, são codificadas sem o uso desse artifício. Dessa forma, o objetivo deste trabalho é otimizar uma dessas ferramentas, o Ysera, para avaliação do impacto do uso do paralelismo em seu código. A otimização foi realizada com a reestruturação do seu código para que trabalhasse de forma paralela com recursos disponíveis para a linguagem Python, o multiprocessamento. A avaliação de ganho de desempenho foi feita através de diversas execuções do software de forma sequencial e de forma paralela, utilizando arquivos de entrada no formato PDB de tamanhos variados. Avaliando seu tempo de execução, consumo de memória e processamento. Também foi avaliado o impacto que o aumento do número de processos causa em seu desempenho. Como resultado, obteve-se uma melhora de desempenho de até mais de 50% comparando com a versão original da ferramenta, reduzindo o tempo computacional para obter os dados de saída desejados.