Caracterização de genes através de recursos bioinformáticos - Jorge, Lurdes (2011)
Após descodificação da fase de leitura aberta de um gene, uma série de ferramentas bioinformáticas podem ser utilizadas para a caracterização da sequência deduzida da proteína. Uma pesquisa no website do Expasy Proteomics Server (http://expasy.org/tools) e uma sequência nucleotídica permitem-nos identificar e caracterizar proteínas, identificar motivos, padrões e perfis, inferir a sua estabilidade, localização celular ou função, fazer as predições das estruturas secundária e terciária, procurar sequências similares depositadas em bases de dados e compará-las, estabelecer relações filogenéticas. Neste caso usámos a ORF ("open reading frame") do gene lip2 de Trichoderma harzianum, cuja sequência pode ser acedida na base de dados da EMBL com o número de acesso AM774154.1. A proteína codificada por lip2 tem 404 aminoácidos, massa molecular calculada de 44604,3 Dalton e ponto isoeléctrico global calculado de 5,0. É considerada estável. Uma pesquisa efectuada na base integrada InterproScan incluiu lip2 na família das lipases com serina no centro activo (PROSITE PS00120, posição 210-219), e na das lipases_classe3 (Pfam PF01746, posição 131-190) com uma probabilidade de 1,4.e-31. http://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/iprscan/ A sua estrutura primária está de acordo com o consenso G-x-S-x-G, descrito como centro activo de lipases, inserido na sequência consenso de lipases com serina no centro activo: [LIV]-KG-[LIVFY]-[LIVMST]-G-[HYWV]-S-YAG-G-[GSTAC]. Os primeiros 25 aminoácidos constituem uma sequência sinal, que sugere a entrada desta proteína no retículo endoplasmático, e uma localização extracelular. No que respeita a modificações pós-traducionais, entre outras, a proteína codificada por lip2 apresenta três possíveis sítios de N-glicosilação, quatro sítios prováveis de N-miristoilação, um de palmitoilação e 28 sítios potenciais de fosforilação. A palmitoilação aumenta a superficie hidrofóbica e a afinidade para os substratos e desempenha um papel importante no transporte de proteína.