GIN 2.0: extensão e desenvolvimento de uma aplicação web de inspecção genómica

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Inocêncio, Tiago Manuel Guerreiro
Data de Publicação: 2013
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10451/9619
Resumo: Trabalho de projecto de mestrado em Engenharia Informática (Sistemas de Informação), apresentado à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2013
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spelling GIN 2.0: extensão e desenvolvimento de uma aplicação web de inspecção genómicaAnálises genómicasAplicação webBioinformáticaCloud computingSistema de informaçãoVisualização de dadosTrabalhos de projecto de mestrado - 2013Trabalho de projecto de mestrado em Engenharia Informática (Sistemas de Informação), apresentado à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2013Este projecto teve como objectivo a continuação do desenvolvimento de uma aplicação web, designada Genome Inspector que tem como objectivo a análise de genomas bacterianos de modo a facilitar o processo de desenho de primers de grande abrangência genómica. A nova filosofia do sistema GIN (GIN 2.0) é baseada em projectos geridos pelos utilizadores os quais irão conter um conjunto de genomas disponíveis para a realização da análise pretendida. Todo o design do sistema foi reestruturado de modo a proporcionar aos utilizadores uma rápida e fácil navegação, sendo intuitiva na realização da acção pretendida. Toda a base de dados foi reestruturada de modo a albergar toda a informação referente aosutilizadores e aos dados genómicos, permitindo assim uma melhor organização dos dados e maior flexibilidade no seu uso para consulta e análise. Actualmente o sistema abrange todos os genomas bacterianos completamente sequenciados e depositados na base de dados GenBank, encontrando-se anotados cerca de 2564 genomas na base de dados do sistema GIN 2.0, que correspondem a mais de 740 mil genes. Após a realização do sistema, este foi instalado e testado em várias plataformas, devido aos requisitos computacionais envolvidos, nomeadamente na Faculdade de Ciências, na Faculdade de Farmácia e ainda numa plataforma cloud. Antes da instalação e configuração do sistema sob a plataforma cloud, foram realizadas análises de serviços de cloud para se identificar qual o que fornece a melhor qualidade/preço e posteriormente foi testado o sistema neste tipo de plataforma. Por fim foram realizados testes com utilizadores de modo a permitir a avaliação de todo o sistema.The aim of this project was to further develop a web application called Genome Inspector. This application aims to analyze bacterial genomes in order to facilitate primer design of a vast genomic scope. The new philosophy of the system, GIN (GIN 2.0), is based on user managed projects which will contain a set of genomes available to perform the analysis required. The entire design of the system was restructured to provide users with a quick and easy navigation; the desired action is reached in an intuitive way. The entire database was restructured in order to accommodate all the information about users and genomic data, allowing for better data organization and greater flexibility in its use for query and analysis. The present system covers all sequenced bacterial genomes deposited in the GenBank database. Approximately there are 2564 genome annotated in the database system GIN 2.0, which corresponds to more than 740 thousand genes. After completion, the system was installed and tested on various platforms because of the computational requirements involved, namely the Faculty of Sciences at the Faculty of Pharmacy and in a cloud platform. Before installation and configuration of the system under the cloud platform, analyzes were carried out on cloud services to identify who provides the best quality/price and later the system itself was tested on this type of platform. Finally tests were performed with users in order to enable evaluation of the entire system.Falcão, André Osório e Cruz de Azerêdo, 1969-Vítor, Jorge Manuel Barreto, 1958-Repositório da Universidade de LisboaInocêncio, Tiago Manuel Guerreiro2013-12-04T15:54:14Z20132013-01-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10451/9619TID:201284855porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP)instname:FCCN, serviços digitais da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologiainstacron:RCAAP2025-03-17T13:02:24Zoai:repositorio.ulisboa.pt:10451/9619Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireinfo@rcaap.ptopendoar:https://opendoar.ac.uk/repository/71602025-05-29T02:33:49.280593Repositórios Científicos de Acesso Aberto de Portugal (RCAAP) - FCCN, serviços digitais da FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologiafalse
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