Uma abordagem bioinformática para o estudo da contribuição das bombas de efluxo “Small Multidrug Resistance” na resistência aos antibióticos em Acinetobacter baumannii através da análise de genoma completo - Ribeiro, José Francisco Valente (2020)
RESUMO: As bombas de efluxo (BEs) da família “Small Multidrug Resistance” (SMR) encontram-se pouco caracterizadas em Acinetobacter baumannii. Estes transportadores estão implicados no efluxo de múltiplos compostos antimicrobianos, principalmente compostos orgânicos catiónicos. Neste trabalho, pretendemos identificar BEs do tipo SMR em A. baumannii através da análise da sequência do genoma completo e compará-lo com os de outras espécies bacterianas, analisando as possíveis implicações na resistência antimicrobiana nesta espécie. A análise bioinformática foi realizada usando genomas anotados de A. baumannii publicados na base de dados do NCBI. A pesquisa das proteínas candidatas e os ortólogos correspondentes em outras bactérias foi realizada usando a base de dados do NCBI e KEGG. A análise da similaridade entre as sequências de aminoácidos das proteínas encontradas foi efectuada usando o algoritmo BLASTP. A categorização funcional dos subsistemas de sequências de DNA codificante (CDS) e a sua visualização foi determinada com o programa SEED. O arranjo genómico dos genes ortólogos foi analisado usando o programa SyntTax. As representações circulares do genoma das estirpes de referência de A. baumannii foi obtida recorrendo ao programa GCView. Identificámos três BE SMR codificadas no cromossoma - AbeS, EmrE e SugE - e três codificadas em plasmídeos ou integrões de classe 1 - QacF, QacE e QacEΔ1. Destas, apenas as BEs AbeS, QacE e QacEΔ1 se encontram estudadas e associadas à resistência a compostos antimicrobianos em A. baumannii. Verificamos que as BE cromossómicas estão presentes em todos os grupos clonais de A. baumannii, enquanto apenas alguns possuem BEs codificadas em elementos móveis. As BEs encontradas neste trabalho apresentam elevado nível de similaridade (> 70%) ao nível da sequência de aminoácidos com BEs do tipo SMR presentes noutras espécies bacterianas. A presença de várias BEs do tipo SMR no genoma de A. baumannii pode explicar a elevada predisposição de A. baumannii para sobreviver na presença de compostos orgânicos catiónicos, como desinfectantes, biocidas e corantes. A identificação de proteínas ortólogas do tipo SMR no genoma de A. baumannii sugere um papel semelhante na resistência antimicrobiana. A abordagem in silico baseada na análise de sequências de genomas completos poderá ser útil para identificar características fenotípicas relevantes, para diversos compostos antimicrobianos, incluindo antibióticos.