Bioinformática como ferramenta para o estudo do mecanismo de efluxo da bomba multidroga AcrB - Silva Júnior, Lande Vieira da (2016)
Este trabalho empregou ferramentas de bioinformática para estudar in silico o mecanismo de transporte da bomba de efluxo multidroga AcrB. Essa bomba faz parte do sistema de efluxo da bactéria gram-negativa Escherichia coli e é um modelo para estudos de bombas que pertencem à família RND.Para que fosse estudado o mecanismo de efluxo, uma metodologia foi desenvolvida especialmente para os testes de docagem. Essa metodologia proporcionou a criação das curvas de energia e de diversas tabelas auxiliares que se caracterizaram como importantes ferramentas para a análise dos resultados. As simulações computacionais de docagem e de dinâmica molecular indicaram que a inibição do mecanismo de efluxo pode ocorrer através de competição entre inibidor e substrato pelos mesmos sítios de ligação ou ainda por caminhos em comum no interior da bomba. Os estudos realizados também revelaram que certas regiões da AcrB parecem ter maior afinidade com os substratos no que se refere à intensidade da energia de ligação. Foram também identificados laços, hélices-alfa e folha-beta que parecem ser relevantes no transporte dos substratos