Sarampo na era da eliminação no Brasil: estudo de surtos recentes baseado no sequenciamento da região não codificante do genoma do vírus

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Silva, Suelen Soares da
Data de Publicação: 2018
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://arca.fiocruz.br/handle/icict/34092
Resumo: O sarampo é uma virose imunoprevenível, altamente contagiosa e com elevada morbimortalidade. Em 2016, a Organização Mundial da Saúde declarou a eliminação de vírus do sarampo (MEV) na região das Américas. Entretanto, já que o vírus é endêmico em outras regiões, pode ser reintroduzido sob a forma de casos esporádicos, principalmente associado a viagens internacionais. O MEV pertence à família Paramyxoviridae, gênero Morbillivirus e encontra-se classificado em 24 genótipos e um sorotipo único. No Brasil, desde 2000 ocorrem casos importados de outros países. Em 2013, um surto se iniciou no nordeste do país, com grande número de casos. O objetivo deste estudo consistiu em investigar esse surto, ocorrido nos estados de Pernambuco (PE) e Ceará (CE) durante o período 2013-2015, sob a perspectiva virológica. As amostras clínicas e informações epidemiológicas foram coletadas pelas equipes de Vigilância Epidemiológica desses estados e encaminhadas para o confirmação do resultado e genotipagem no Laboratório de Referência Nacional (LVRS,IOC,Fiocruz). Após extração de RNA, o MEV foi detectado por RT-PCR em tempo real (protocolo CDC). Posteriormente, foi realizado RT-PCR convencional e sequenciamento do gene N (CDC/EUA;HPA/Inglaterra) e da região entre os genes M e F (RNC-M) das amostras positivas. No período avaliado, observamos a circulação de três genótipos virais no Brasil (B3, D4 e D8), sendo os dois primeiros associados a casos isolados. O genótipo D8, entretanto, foi introduzido no estado de PE e se disseminou para o estado do CE Com base na análise bayesiana da região RNC-MF, duas linhagens do genótipo D8 circularam nos surtos. Enquanto em PE foi identificada a introdução de uma linhagem viral (2013-2014), no CE (2014-2015) co-circularam duas linhagens, sugerindo dois eventos de introdução. As análises moleculares demonstraram que a região RNC-MF viral constituiu um alvo adequado para o rastreamento de surtos dada a sua maior variabilidade, quando comparada ao gene N. Finalmente, ao analisarmos a relação entre os resultados sorológicos e de detecção molecular por RT-PCR, considerando o atual cenário epidemiológico e a alta cobertura vacinal da população brasileira, observamos que a exclusiva detecção de anticorpos IgM para a confirmação dos casos positivos de sarampo não constitui uma estratégica diagnóstica totalmente confiável no atual cenário epidemiológico, dada a divergência encontrada entre os resultados sorológicos e a detecção molecular MEV. Esse conjunto de informações é de fundamental relevância para subsidiar o programa de vigilância epidemiológica de sarampo, visando a adoção oportuna das medidas de controle e prevenção de novos casos.
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O MEV pertence à família Paramyxoviridae, gênero Morbillivirus e encontra-se classificado em 24 genótipos e um sorotipo único. No Brasil, desde 2000 ocorrem casos importados de outros países. Em 2013, um surto se iniciou no nordeste do país, com grande número de casos. O objetivo deste estudo consistiu em investigar esse surto, ocorrido nos estados de Pernambuco (PE) e Ceará (CE) durante o período 2013-2015, sob a perspectiva virológica. As amostras clínicas e informações epidemiológicas foram coletadas pelas equipes de Vigilância Epidemiológica desses estados e encaminhadas para o confirmação do resultado e genotipagem no Laboratório de Referência Nacional (LVRS,IOC,Fiocruz). Após extração de RNA, o MEV foi detectado por RT-PCR em tempo real (protocolo CDC). Posteriormente, foi realizado RT-PCR convencional e sequenciamento do gene N (CDC/EUA;HPA/Inglaterra) e da região entre os genes M e F (RNC-M) das amostras positivas. No período avaliado, observamos a circulação de três genótipos virais no Brasil (B3, D4 e D8), sendo os dois primeiros associados a casos isolados. O genótipo D8, entretanto, foi introduzido no estado de PE e se disseminou para o estado do CE Com base na análise bayesiana da região RNC-MF, duas linhagens do genótipo D8 circularam nos surtos. Enquanto em PE foi identificada a introdução de uma linhagem viral (2013-2014), no CE (2014-2015) co-circularam duas linhagens, sugerindo dois eventos de introdução. As análises moleculares demonstraram que a região RNC-MF viral constituiu um alvo adequado para o rastreamento de surtos dada a sua maior variabilidade, quando comparada ao gene N. Finalmente, ao analisarmos a relação entre os resultados sorológicos e de detecção molecular por RT-PCR, considerando o atual cenário epidemiológico e a alta cobertura vacinal da população brasileira, observamos que a exclusiva detecção de anticorpos IgM para a confirmação dos casos positivos de sarampo não constitui uma estratégica diagnóstica totalmente confiável no atual cenário epidemiológico, dada a divergência encontrada entre os resultados sorológicos e a detecção molecular MEV. Esse conjunto de informações é de fundamental relevância para subsidiar o programa de vigilância epidemiológica de sarampo, visando a adoção oportuna das medidas de controle e prevenção de novos casos.Measles is an immunopreventable and highly contagious disease, causing relevant morbimortality. In 2016, the World Health Organization declared the elimination of measles virus (MeV) in the Americas. However, since the MeV is endemic in other regions, it can be reintroduced as sporadic cases, mainly associated with international travel. MeV belongs to the Paramyxoviridae family, genus Morbillivirus and is classified into 24 genotypes and a single serotype. Since 2000, imported measles cases have been reported in Brazil as in other countries. In 2013, however, an outbreak began in the northeast of the country, involving a large number of cases. The aim of this study was to investigate this outbreak, comprising Pernambuco (PE) and Ceara (CE) states along 2013-2015, under the virological perspective. Clinical samples and epidemiological information were collected by the Epidemiological Surveillance teams of these states and sent for genotyping and sequencing at the National Reference Laboratory (Respiratory Viruses and Measles Laboratory, IOC, Fiocruz). After RNA extraction, MeV was detected by real-time RT-PCR. Subsequently, conventional RT-PCR and sequencing of the N gene (CDC/US, HPA England) and of a region between the M and F genes (MF-UTR) were accomplished in positive samples. In the period evaluated, three viral genotypes circulated in Brazil - B3, D4 and D8 -, the first two associated with isolated cases. Genotype D8, however, was introduced in the state of PE in 2013 and was further disseminated to CE. Bayesian analysis of the MF-UTR region revealed that two strains of the D8 genotype circulated in the Northeast region. While in PE a single viral lineage (2013-2014) was identified related to strains from the United Kingdom, 2 lines co-circulated in CE (2014-2015), suggesting different introduction events. Molecular analyzes demonstrated that the viral MF-UTR region is an adequate target for outbreak tracking, given a higher variability, when compared to N gene. The results also reiterate the value of virological surveillance in addition to the classical epidemiological approaches for outbreak assessment. Finally, our results showed that exclusive detection of IgM antibodies for MeV case classification is not a reliable diagnostic strategy in the current epidemiological scenario, given the divergence found between the serological results and the molecular detection. Altogether, this information is pivotal to tailor and empower the measles epidemiological surveillance program for a timely intervention and prevention of new cases.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Programa de Pós-Graduação em Medicina Tropical. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.porVírus do SarampoEpidemiologia molecularFilogeniaMeasles virusMolecular epidemiologyPhylogeneticsVírus do SarampoEpidemiologia MolecularFilogeniaSarampo na era da eliminação no Brasil: estudo de surtos recentes baseado no sequenciamento da região não codificante do genoma do vírusinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis2018Instituto Oswaldo CruzFundação Oswaldo CruzRio de Janeiro/RJPrograma de Pós-Graduação em Medicina Tropicalinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://arca.fiocruz.br/bitstreams/6100d572-99e8-4952-a4ce-898211a10e50/download8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51falseAnonymousREADORIGINALsuelen_silva_ioc_mest_2018.pdfsuelen_silva_ioc_mest_2018.pdfapplication/pdf4381240https://arca.fiocruz.br/bitstreams/af16c5be-5f19-4b7c-964a-0fa4f332a06f/download8743028b4734dcb8c3664efdc9827217MD52trueAnonymousREADTEXTsuelen_silva_ioc_mest_2018.pdf.txtsuelen_silva_ioc_mest_2018.pdf.txtExtracted texttext/plain103054https://arca.fiocruz.br/bitstreams/acc6fd09-5a95-4234-b405-734d7c00a8b2/download2a55e2540f10e7780a8c3df6d037bef6MD55falseAnonymousREADTHUMBNAILsuelen_silva_ioc_mest_2018.pdf.jpgsuelen_silva_ioc_mest_2018.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg3152https://arca.fiocruz.br/bitstreams/832b35fa-464a-4aed-958d-11f91d4e9bca/download10686f9e57adc669520a292e3fb76eb4MD56falseAnonymousREADicict/340922025-07-30 00:21:43.769open.accessoai:arca.fiocruz.br:icict/34092https://arca.fiocruz.brRepositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352025-07-30T03:21:43Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)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