Desenvolvimento de marcadores do tipo KASP para seleção assistida do gene Rpp1 e alelos associados com resistência a Phakopsora pachyrhizi - Batti, Vinícius de Bitencourt Bez (2018)
A presente dissertação teve como objetivo realizar o mapeamento, desenvolvimento de marcadores SNPs e caracterização fenotípica de resistência das PIs 200492 (Rpp1), PI 594538A (Rpp1-b), PI 587880A (Rpp1-b) e PI 594723 (Rpp1-?). As populações avaliadas foram obtidas através de cruzamentos simples, entre genitores contrastantes quanto a resistência à ferrugem asiática da soja, utilizando-se como genitor suscetível em comum para todas as hibridações a linhagem GDM15I057. As populações foram classificadas fenotipicamente quanto a sua resistência em classes discretas, conforme a observação das reações de imunidade (IM), reddish-brown (RB), e de suscetibilidade (TAN), posteriormente transformadas em escala linear para análise de dados. Através da genotipagem por sequenciamento dos parentais contrastantes quanto resistência a Phakopsora pachyrhizi, foram desenvolvidos marcadores genotípicos compatíveis com a plataforma de genotipagem KASP. Utilizando-se o Software GGEBiplot, executou-se a análise de associação entre os cruzamentos propostos e tipos de lesão observadas. Utilizando o pacote R/qtl do Software R, realizou-se a análise de mapeamento de QTL por intervalo padrão. Estimou-se a similaridade genética das populações, das fontes de resistência, através de análise de agrupamento pelo método UPGMA. Os indivíduos descendentes da população PI 200492 (Rpp1) x GDM15I057 associaram-se à reação de resistência RB4 e reação de suscetibilidade, evidenciando a menor resistência ao patógeno desta fonte. As populações PI 594538A (Rpp1-b) x GDM15I057 e PI 587880A (Rpp1-b) x GDM15I057, apresentaram elevados níveis de resistência, associando-se às reações fenotípicas de imunidade e RB1. Os descendentes da hibridação PI 594723 x GDM15I057 associaram-se com a reação a infecção MIX, indicando resistência apenas a determinadas raças P. pachyrhizi nesta fonte. Os resultados do mapeamento indicam a posição dos genes de resistência da fonte PI 200492 (Rpp1) entre GDM_KASPAR40 e S1_849484912; PI 594538 (Rpp1-b) teve seu alelo de resistência mapeado entre S1_847603973 e S1_849484912; o mapeamento da fonte PI 587880A (Rpp1-b) constatou valores de LOD significativos entre os marcadores S1_847984806 e S1_849484912; a fonte PI 594723 (Rpp1-?), teve seu gene de resistência mapeado entre os marcadores S1_847603973 e S1_849109823. O agrupamento genotípico entre fontes de resistência PI 594538A (Rpp1-b) e PI 587880A (Rpp1-b), demonstrou que ambas apresentam elevada similaridade genotípica. Os resultados observados pela análise de agrupamento indicam a fonte PI 594723 como portadora de um novo alelo de Rpp1.