Desenvolvimento de marcadores moleculares específicos para produção de leite em búfalos (Bubalus bubalis) - Weiss, Emanoele Cristina (2021)
O uso de marcadores moleculares é utilizado no melhoramento genético de bubalinos para verificar genes que estão ligados a características de interesse econômico, e posteriormente auxiliar na seleção de indivíduos superiores com maior produtividade. Assim, objetivou-se identificar e desenvolver marcadores moleculares específicos para genes relacionados com a produção de leite em Bubalus bubalis. Com o programa Panther 16.0 foi efetuado o enriquecimento de função e via através da sequência genômica de B. bubalis para os genes relacionados a qualidade do leite (CSN1S1, CSN1S2, CSN2, CSN3, LALBA; FABP4; LPL; PPARG; SDC; DGAT1) disponíveis no banco de dados Natinonal Center For Biotechnology Information (NCBI). Com a ferramenta String foi construído uma rede interação proteína-proteína. A identificação e o designer dos primers, foi realizada com a utilização software Primer-Blast, com base no download das sequências no formato FASTA. A validação dos primers foi realizada in silico com a utilização do programa SMS - PCR Primer Stats, para confirmar a ausência de hairpins e dímeros. O BLASTn foi utilizado para verificar o alinhamento, e o programa SMS PCR Products, que procura locais de anelamento perfeito, e em laboratório, utilizando o material genético provenientes do bulbo folicular dos pelos da vassoura da cauda de 46 búfalos, 23 da raça Murrah e 23 da raça Mediterrâneo. O resultado da análise de enriquecimento de função e via dos genes candidatos para a qualidade do leite, demonstrou que eles estão associados com atividades biológicas complexas, incluindo a atividade lipídica, sintetização de lactose, regulação hormonal e atividade lipídica. A rede de interação proteína-proteína demostra que existe uma interconexão entre os genes pesquisados, mas, a principal associação ocorre entre as proteínas do cluster das caseínas. Ao total foram desenvolvidos 100 primers, destes apenas 41 passaram em todos os testes e estão aptos para serem sintetizados. O número de marcadores específicos desenvolvidos para cada gene foi CSN1S1 (7); CSN1S2 (7); CSN2 (4); CSN3(5); LALBA (4); FABP4 (3); LPL (3); PPARG (4); SDC (2); DGAT1 (2). Os demais primers não se mostraram eficientes, sendo que não apresentaram padrões adequados para realização da genotipagem. Logo, pode-se concluir que por meio das análises de bioinformática é possível desenvolver primers eficientes, tanto para a PCR virtual quanto para a PCR em laboratório.