Desenvolvimento de marcadores do tipo SSRs para genes candidatos relacionados com a qualidade da carne em Bos taurus - Ribeiro, Carmen Catarina Brostolin (2021)
A bovinocultura de corte faz uso dos marcadores moleculares para verificar a localização dos genes para produção e qualidade de carne, aspectos reprodutivos e resistência a doenças. Com este propósito, objetivou-se identificar e desenvolver marcadores microssatélites (SSRs) para genes relacionados a produção e qualidade de carne do composto Marchangus. Com o programa Panther 16.0 foi efetuado o enriquecimento de função e via através da sequência genômica de Bos taurus para os genes relacionados a qualidade de carne (DGAT1, CAPN1, CAST, TG, PRLR, CAPN2, CAPN3) disponíveis no banco de dados National Center For Biotechnology Information (NCBI) e, com a ferramenta String foi construído uma rede interação proteína-proteína. A identificação e localização dos SSRs e o desenho dos iniciadores, foi realizada com a utilização software Krait, com base no download das sequências no formato FASTA. A validação dos primers foi realizada in silico com a utilização do programa SMS - PCR Primer Stats, para confirmar a ausência de hairpins e dímeros,o BLASTn foi utilizado para verificar o alinhamento dos primers para as sequências dos genes, e o programa SMS PCR Products, que procura locais de anelamento perfeito. A validação em laboratório foi realizada utilizando o material genético provenientes do sangue de 25 bovinos do Composto Marchangus. O resultado da análise ontológica dos genes candidatos para a qualidade da carne, demonstrou que os mesmos estão associados as atividades biológicas complexas, incluindo a regulação hormonal, atividade lipídica, e o processo de degradação de proteínas por enzimas. A rede de interação proteína-proteína confirma que existe uma interconexão entre os genes pesquisados, mas, a principal associação ocorre no complexo enzimático calpaína-calpastatina. O número de marcadores microssatélites (SSRs) desenvolvido para cada gene foi: DAGT1 (2), CAPN1 (4), CAST (47), TG (65), PRLR (54), CAPN2 (14) e CAPN3 (8). Com base nos SSRs obtidos foi realizado o designer dos primers. Após a validação virtual, os resultados dos primers foram os seguintes: CAPN1 (1), CAST (4) e PRLR (1). Os demais iniciadores não demonstraram os padrões adequados para a realização da genotipagem. Portanto, pode-se concluir pelos testes realizados, que a partir das análises de bioinformática é possível desenvolver primers eficientes, tanto com PCR virtual, como pela PCR convencional. O estudo dos polimorfismos por técnicas moleculares para genes candidatos, permitirá o melhoramento da característica de interesse zootécnico, bem como, a utilização destes marcadores em programas de mapeamento genético e seleção assistida.