Identificação e anotação de RNAs longos não-codificantes em Schistosoma mansoni e Schistosoma japonicum - Maciel, Lucas Ferreira (2020)
Os RNAs longos não-codificantes (lncRNAs) (> 200 nt) são expressos em níveis inferiores aos dos RNAs mensageiros (mRNAs) e, em todas as espécies modelo eucarióticas onde foram caracterizados, são transcritos a partir de milhares de diferentes loci genômicos. Em humanos, cerca de quatro dezenas de lncRNAs foram estudados em detalhes e demonstraram desempenhar papéis importantes na regulação da transcrição, agindo em conjunto com fatores de transcrição e marcas epigenéticas para modular os programas de ativação e repressão da transcrição gênica tecido-específica. Trabalhos anteriores identificaram cerca de 10.000 e 3.000 lncRNAs em Schistosoma mansoni e Schistosoma japonicum, respectivamente. Estes são os vermes que causam a esquistossomose, uma importante doença tropical negligenciada. O número limitado de bibliotecas de sequenciamento de RNA (RNA-seq) que haviam sido previamente avaliadas, juntamente com o uso de versões antigas e incompletas dos genomas de S. mansoni e S. japonicum e suas anotações no transcriptoma de codificação de proteínas, dificultaram a identificação de todos os lncRNAs expressos nesses parasitas. Aqui foram utilizadas 66 bibliotecas de RNA-seq de S. japonicum de vermes inteiros em diferentes estágios do ciclo de vida e 633 bibliotecas de RNA-seq de S. mansoni de vermes inteiros de diferentes estágios, de tecidos isolados, de populações de células e de células únicas para identificar lncRNAs. Todas as bibliotecas foram obtidas do domínio público. Um pipeline foi desenvolvido e utilizado para o mapeamento de transcritos contra os genomas e a montagem dos genes. Um conjunto de 16.583 transcritos de S. mansoni e 12.291 transcritos de S. japonicum foram identificados e anotados como lncRNAs; as análises de identidade de sequencia e sintenia dos genes entre as espécies demonstram que alguns lncRNAs possuem conservação de sintenia, mesmo quando há falta de conservação da sequência. Análises de redes de co-expressão gênica ponderadas foram realizadas para ambas as espécies e lncRNAs com expressão dinâmica através do desenvolvimento do parasita foram identificados. Esses lncRNAs são co-expressos com genes codificadores de proteínas associados a várias importantes vias biológicas, como reprodução, replicação, metabolismo de medicamentos e desenvolvimento do sistema nervoso. Este trabalho abre caminho para a futura caracterização funcional do papel dos lncRNAs nos esquistossomos