Arcabouço probabilístico para análise de sequências de RNA - Ferreira, Rafael Mathias (2015)
RNA é um polímero formado por quatro tipos de ácidos nucleicos denotados por A, C, G e U que representam Adenina, Citosina, Guanina e Uracila respectivamente. Os nucleotídeos G-C e A-U se ligam formando pontes de hidrogênio e são ditos complementares, contudo, outros tipos de ligações podem ocorrer. RNAs são moléculas de fita única que dobram-se formando pareamentos entre bases complementares. A estrutura formada por esses pareamentos de bases complementares é chamada de estrutura secundária. Estudos recentes mostram que uma grande quantidade de RNAs não codificantes desempenham papéis importantes em uma variedade de processos biológicos, como silenciamento gênico, regulação da expressão gênica, processamento de RNA, modificação de RNA, controle da tradução e transcrição entre outros. Essas moléculas estão associadas também a diver- sos tipos de doenças como o câncer, doenças neurológicas como Alzheimer e Parkinson, doenças cardiovasculares e muitas outras. Dessa forma, torna-se importante descobrir novos RNAnc e suas respectivas estruturas secundárias, visto a estrita relação existente entre a estrutura secundária e a função biológica dessas moléculas. Neste trabalho desenvolvemos um arcabouço probabilístico utilizando modelo de Markov de estados ocultos sensível ao contexto para caracterização de sequên- cias e perfil de sequências com distância arbitrária entre símbolos, como as que encontramos em sequências de RNA e em alinhamentos de RNA. Nossa implementação foi desenvolvida como uma extensão do arcabouço probabilístico ToPS e conta com algoritmos de inferência otimizados a fim de obtermos tempos de execução eficientes. Comparamos nossa implementação com outras ferramentas que possuem o mesmo propósito e pudemos constatar que nosso arcabouço se mostra bastante competitivo além de de oferecer ao usuário maior liberdade na definição de modelos.