Um estudo sobre a filogenia de Chiroptera e sua coevolução com vírus da raiva - Barone, Gisely Toledo (2022)
A raiva é uma encefalite viral aguda e quase sempre fatal, tem distribuição global e causa cerca de 59 mil mortes/ano, principalmente em crianças de países em desenvolvimento. Provocada pelo Lyssavirus rabies (RABV) - vírus de genoma RNA, formado por cinco genes (N, P, M, G e L), é um dos mais antigos patógenos já descritos pela humanidade, capaz de acometer todos os mamíferos, mas mantém os morcegos (Chiroptera) como hospedeiro reservatório. Os quirópteros são os únicos mamíferos com capacidade para voar, o que os possibilita percorrer grandes distâncias e facilita a disseminação de vírus, como o RABV. Com o intuito de comparar a taxonomia morfológica e molecular de quirópteros, foi realizado o sequenciamento parcial do gene COI de 384 indivíduos, utilizando o SNC de diversas espécies do Estado de São Paulo. Todas as sequências foram depositadas e se encontram disponíveis no banco de dados GenBank (NCBI). A identificação genética das espécies pelo gene COI (DNA barcoding) foi resultado do sistema BOLD de identificação, as relações filogenéticas entre os indivíduos foram avaliadas com a elaboração de árvores de Máxima Verossimilhança e com análise dos parâmetros de diversidade genética (número de haplótipos, número de sítios variáveis, diversidade haplotípica e nucleotídica), além da construção das redes de haplótipos, incluindo sequências do gene COI disponíveis em banco de dados. Durante o estudo, foram encontrados indivíduos com sequências do gene COI idênticas, separados por mais de 3mil km de distância geográfica. Diferenças significativas entre a taxonomia morfológica e molecular do gênero Myotis foram destacadas, evidenciando a necessidade do uso de marcadores moleculares na identificação de espécies, principalmente as mais complexas. Em paralelo, o viés de uso de códons foi avaliado no genoma completo de RABV, utilizando 51 sequências de isolados já disponíveis em banco de dados. O mRNA da β-actina foi eleito para gerar 43 sequências parciais de quirópteros e utilizá-las como conjunto de referência de genes altamente expressos, empregados na análise dos indicadores de uso de códons, além de gerar a filogenia baseada em β-actina. Índices como conteúdo GC, RSCU, Enc, CAI e RCDI foram calculados, a fim de avaliar o viés de uso e inferir a força evolutiva que o influencia, apesar de RABV apresentar baixo viés de utilização. Valores de RSCU foram convertidos em dados binários e possibilitaram gerar cinco árvores de Neighbor- Joining. Um ensaio in vivo foi realizado em camundongos inoculados com amostra de quiróptero positivo para raiva, com finalidade de comparar a carga viral na mudança de hospedeiros e verificar suas implicações no uso de códons. De maneira geral, RABV mostrou-se um vírus de baixo viés de uso de códons, preferindo utilizar os terminados em A/T, além de indicar que o viés é influenciado pela seleção natural. Os padrões de uso de códons são diretamente influenciados pela coevolução entre vírus e hospedeiros.