Caracterização da fração repetitiva do genoma de Hancornia speciosa Gomes - SANTOS, Vanessa Emanuelle Pereira (2018)
A mangabeira é uma espécie nativa do Brasil, amplamente distribuída no Brasil, e que apresenta importância socioeconômica, principalmente nas regiões Nordeste e Centro-Oeste do país. Hancornia speciosa ocorre na Caatinga, no Cerrado, nos Tabuleiros Costeiros e nas Restingas. Seus frutos contêm vitamina C e apresentam os maiores teores de proteína e ferro e suas folhas possuem propriedades medicinais sendo utilizadas no controle da pressão arterial e no tratamento contra diabetes. Devido à expansão imobiliária, utilização de áreas nativas para cultivo de grandes culturas e fragmentação das florestas, a espécie vem sofrendo significativa erosão genética. Apesar de sua importância e vulnerabilidade, estudos genômicos em H. speciosa são negligenciados, sendo assim, o conhecimento de suas características genômicas, os quais permitirão a aplicação de técnicas que contribuam com programas de conservação e melhoramento genético da espécie, são de suma importância. As plantas, geralmente, contêm elevadas proporções de DNA repetitivo, os quais são importantes elementos de regulação gênica e que surgem ao longo da evolução, ocasionando mutações que podem alterar fenotipicamente o organismo em questão. Neste sentido, o objetivo deste trabalho foi caracterizar a fração repetitiva de H. speciosa fornecendo o primeiro estudo genômico na espécie o qual contribuirá futuramente para técnicas aplicadas ao melhoramento genético envolvendo associação genômica. Indivíduos de mangaba, provenientes do Estado de Pernambuco foram coletados e tiveram seu DNA extraído e posteriormente fragmentado para construção da biblioteca paired-end-reads de sequenciamento de nova geração (NGS), usando a plataforma Illumina HiSeq2500. O tamanho do genoma foi estimado usando citometria de fluxo e a fração repetitiva foi analisada utilizando o software RepeatExplorer e TAREAN. Três espécies relacionadas geneticamente com H. speciosa foram utilizadas para comparar os resultados e avaliar se a quantidades de DNA repetitivo tem relação com a proximidade genética das espécies. O genoma de H. speciosa possui tamanho pequeno (430 Mb) e pouca quantidade de DNA repetitivo (15%) a qual é proveniente principalmente de elementos LTR/Gypsy e de sequências de DNAr. A espécie não apresenta sequências de DNA satélite e sugerimos que o papel deste elemento no genoma é assumido por sequências LTR/Gypsy chromovirus, os quais possuem ampla proporção em genomas, principalmente em regiões centroméricas. As informações obtidas no presente estudo fornecem informações iniciais aos estudos genômicos em H. speciosa os quais contribuirão para o melhoramento genético da mangaba.