Estrutura populacional e obtenção de primers específicos para a identificação de Burkholderia cenocepacia - OLIVEIRA, Willams José de (2019)
A produção brasileira de cebola (Allium cepa) em 2017 foi de 1,72 milhões de toneladas. No nordeste do Brasil, o agropolo da região do Vale do São Francisco foi responsável pela produção de 99,16% de toda a região Nordeste nesta mesma safra. Porém, algumas perdas podem acontecer durante o cultivo e a fase pós-colheita desta hortaliça, como aquelas ocasionadas pela podridão das escamas, as quais podem chegar a 50%. Portanto, este trabalho teve como objetivos estudar a estrutura de uma população de isolados de B. cenocepacia oriundos do Vale do São Francisco e desenhar primers específicos para a identificação de B. cenocepacia linhagens IIIA e IIIB. Para tal, foram analisados perfis genômicos de 63 isolados com base em dados de REP e BOX-PCR, sendo definidas subpopulações de isolados oriundos de Petrolândia, Belém de São Francisco, Orocó e Casa Nova. O estudo de variabilidade e de estrutura genética da população revelaram variação significativa entre e dentro das subpopulações. O teste de Mantel demonstrou que 26% da variabilidade da população é explicada pela distância espacial, enquanto os índices de diversidade genética refletiram a variabilidade moderada das populações de B. cenocepacia. Já ocorrência de fluxo gênico entre as subpopulações, verificada pelo número de migrantes (Nm) e haplótipos compartilhados, demonstrou a ocorrência de fluxo gênico entre todas as subpopulações. Para a identificação das linhagens IIIB e IIIA de B. cenocepacia foram desenhados primers baseados em sequencias obtidas a partir de análises de pangenômica do genoma completo de 17 isolados disponíveis no NCBI. Foram desenhados cinco pares de primers, sendo que dois pares foram eficientes na identificação e separação das linhagens. Com a compreensão da estrutura da população de B. cenocepacia no Vale do São Francisco e a dinâmica pela qual ela evolui, bem como a correta identificação do patógeno, medidas de controle mais assertivas poderão ser adotadas.