Viroma de plantas de amendoim (Arachis hypogaea) provenientes do Estado de São Paulo - REIS, Luciane de Nazaré Almeida dos (2016)
O amendoim (Arachis hypogaea L.) é uma importante fonte de proteína e óleo, sendo considerada uma das plantas mais cultivadas no Brasil e no mundo, com grande diversidade de formas de consumo de seus produtos. É a quarta oleaginosa com maior produção mundial, cultivada em mais de 30 países, em que a China lidera com 40,8%, seguida pela Índia com 14% e Nigéria com 7,5%. O Brasil ocupa a 17ª posição, concentrada nas regiões Sudeste e Sul, sendo o Estado de São Paulo responsável por 91,4% da produção nacional. Dentre os fatores que limitam o desenvolvimento dessa cultura, encontram-se diversos vírus, os quais ocasionam a redução da produtividade e valor do produto para comercialização. Até o momento, já foram registradas, infectando naturalmente o amendoim, 31 espécies virais, classificadas nos seguintes gêneros e respectivas famílias: Begomovirus (Geminiviridae), Bromovirus (Bromoviridae), Carlavirus (Betaflexiviridae), Cucumovirus (Bromoviridae), Irlavirus (Bromoviridae), Luteovirus (Luteoviridae), Pecluvirus (Virgaviridae), Potexvirus (Alphafleviridae), Potyvirus (Potyviridae), Rhabdovirus (Rhabdoviridae), Soymovirus (Caulimoviridae), Tospovirus (Bunyaviridae), Tymovirus (Tymoviridae) e Umbravirus (Tombusviridae). Destes, o gênero Potyvirus é o que agrega maior número de espécies. O advento da metagenômica, aliada às tecnologias de alto desempenho (Next Generation Sequencing - NGS) vêm propiciando a exploração do universo de microrganismos em várias áreas das ciências, inclusive na Virologia Vegetal. Estas técnicas, juntamente com a bioinformática, atuam como excelentes ferramentas para detecção e caracterização de novos vírus e de todos os genomas virais presentes em determinadas amostras, sejam de diferentes espécies ou estirpes. O objetivo desse trabalho foi realizar estudo de viroma de plantas de amendoim exibindo sintomas típicos de viroses, obtidas de áreas produtoras de 10 municípios do Estado de São Paulo por NGS. Os isolados virais foram mantidos por sucessivas passagens para plantas de amendoim por meio de enxertia, em casa de vegetação da Universidade de Brasília (UnB). Para a realização do NGS, as amostras foram semipurificadas objetivando um enriquecimento de partículas virais seguido de extração de RNA total e o sequenciamento, realizado pela Plataforma Illumina Miseq. A análise metagenômica permitiu a detecção do genoma completo do Peanut mottle virus - PeMoV (Potyvirus) e do Groundnut ringspot virus - GRSV (Tospovirus). Análises biológicas (plantas indicadoras), sorológicas (Dot-ELISA) e moleculares (RT-PCR) foram realizadas com intuito de caracterizar alguns isolados de GRSV de amendoim cuja sequência foi identificada por metagenômica. Análises moleculares do gene que codifica a proteína N, amplamente utilizado em trabalhos de taxonomia no gênero Tospovirus, foram também realizadas com os isolados selecionados A1, N1 e O1. Estes três isolados induziram reação sintomatológica em pelo menos uma das espécies indicadoras (Datura stramonium L.) utilizadas nesse trabalho e amplamente citada na literatura. Resultados positivos para estes isolados foram também confirmados por sorologia, evidenciando a presença de GRSV em municípios produtores de amendoim no Estado de São Paulo. Análises filogenéticas para os segmentos L, M e S de tospovírus revelaram que o isolado de GRSV de amendoim estudado neste trabalho agrupou-se com sequências de um isolado de GRSV de melancia (Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum. & Nakai) e um isolado recombinante de GRSV e Tomato chlorotic spot virus - TCSV, obtido de tomate (Solanum lycopersicum L.). Entretanto, com a análise filogenética feita com a sequência da proteína N, ficou demonstrado que o presente isolado de amendoim se agrupou com sequências de isolados de GRSV previamente estudado no Brasil. Após análises filogenéticas para as proteínas de todos os segmentos de GRSV, acredita-se que as espécies de GRSV e TCSV compartilham o mesmo segmento M. Comparação das sequências da capa proteica de PeMoV, revelaram que o isolado brasileiro de amendoim relatado neste trabalho está mais relacionado filogeneticamente com um isolado obtido de soja (Glycine max L.), encontrado na Coréia do Sul, apresentando 98% de identidade. Este é o primeiro relato no Brasil e no Mundo das sequências do genoma completo de PeMoV e GRSV em amendoim, por meio do uso de NGS.