Identificação da integração do vírus do mosaico do pepino no genoma da soja e seu reconhecimento pelo sistema de produção de pequenos RNAs - Fonseca, Guilherme Cordenonsi da (2011)
A soja (Glycine max) é uma das culturas mais importantes do mundo, os seus grãos servem tanto para a alimentação quanto para a extração de óleo para a fabricação do biodiesel. O vírus do mosaico do pepino (CMV, do inglês, “Cucumber mosaic virus”) é um vírus de RNA, patogênico a diversas plantas. O RNA de interferência é um sistema de silenciamento de RNA presente na maioria dos eucariotos no qual precursores de RNA de dupla fita (dsRNA) são processados em pequenos RNAs (sRNAs) de 21-24 nucleotídeos (nt), que podem regular a atividade de genes, elementos genéticos e vírus de uma maneira sequência específica. A integração de vírus de DNA e de retrovírus no genoma do hospedeiro já é bem conhecida tanto para sistemas eucarióticos quanto para procarióticos. Mais recentemente, foi observada a integração de vírus de RNA não retrovirais (NIRVs) em mamíferos. O presente trabalho é o primeiro a demonstrar tal evento no genoma de plantas. A partir das sequências dos sRNAs de 19-24 nt de 15 bibliotecas de sRNAs sequenciados de amostras de tecidos de soja, foram montadas sequências contíguas (“contigs”) pelo programa SOAP, algumas das quais apresentaram homologia de sequência ao RNA 1 do CMV. Por montagem de novo desses contigs foi obtida uma sequência de 3.092 nt do RNA 1 do CMV, presente em todas as bibliotecas pesquisadas de pelo menos cinco cultivares diferentes de soja. A presença dessa sequência foi confirmada em outras sete cultivares, exceto em "Willians". Foi observada uma maior presença de sRNAs derivados do CMV senso do que anti-senso nas 15 bibliotecas sequenciadas. Os sRNAs de 22-nt foram os mais abundantes. Para o vírus da mancha da vagem do feijoeiro (BPMV, do inglês “Bean pod mottle virus”) presente em uma das bibliotecas, os sRNAs de 21-nt e 22-nt representaram em torno de 80% do total de sRNAs. Foram encontrados sRNAs que variaram sob estresse biótico (Phakospora pachyrhizi) e abiótico (seca) e entre diferentes cultivares. A expressão do RNA 1 aumentou nas plantas sob estresse. Provavelmente o evento de integração ocorreu via recombinação à um retrotransposon.