Análise molecular de vírus de suínos através de abordagem metagenômica - Tochetto, Caroline (2021)
A carne suina e a segunda maior fonte de proteina animal consumida no mundo. O sucesso na profunda expansao da suinocultura deve-se principalmente as melhorias sanitarias implantadas nos sistemas de producao intensiva. Todavia, o aumento da densidade de animais contribuiu para a emergencia e reemergencia de doencas virais, facilitou a transmissao viral entre os animais e promoveu o surgimento de sindromes de etiologia desconhecida ou multifatoriais, incluindo doencas respiratorias e gastrointestinais. A metagenomica viral aliada ao sequenciamento de alto desempenho (HTS) oferece uma oportunidade para identificacao, monitoramento e diagnostico de infeccoes virais. Por meio dessa abordagem, e possível caracterizar virtualmente todos os genomas virais presentes em determinada amostra (o viroma). A caracterizacao do viroma de diferentes tipos de amostras alimenta os bancos de dados com informacoes para analises geneticas comparativas acelerando o entendimento acerca de cadeias de transmissao, taxa de evolucao viral e origem de doencas zoonoticas. Alem disso, os virus possuem papel fundamental na saude de seus hospedeiros e explorar a diversidade viral natural dos suinos e o primeiro passo para a compreensao de sindromes de etiologia indefinida ou de origem multifatorial. Nesse trabalho, o viroma de suinos domesticos foi explorado por meio da abordagem metagenomica viral aliada ao HTS e ferramentas de bioinformatica. O soro de suinos com sinais clinicos de doenca respiratoria revelou a presenca de varios virus de genoma circular DNA fita simples (ssDNA) codificadores de replicase (CRESS DNA) (Artigo 1), dentre os quais foram classificados nas familias Genomoviridae, Smacoviridae (no qual um novo genero e proposto), Redondoviridae e Nenyaviridae; outros nao puderam ser classificados em nenhuma familia reconhecida atualmente. Ainda nesse estudo, foram detectados virus das familias Anelloviridae, Parvoviridae (eucarioticos), Microviridae e Inoviridae (procarioticos). O viroma do soro de suinos clinicamente saudaveis oriundos de granjas de reprodutores suideos certificadas (GRSC) tambem foi explorado e revelou virus das familias Anelloviridae, Parvoviridae e varios CRESS DNA nao classificados. Em outro estudo ainda em andamento, o viroma de fezes de suinos com, ou sem diarreia, foi investigado e diversas familias virais foram detectadas. Por fim, esse trabalho tambem apresenta a continuacao de um estudo anterior que, por meio da metagenomica viral e HTS, identificou circovirus suino tipo 3 (PCV3) em matrizes com natimortos. Aqui, a relacao do PCV3 com a natimortalidade em suinos foi investigada por meio de PCR em tempo real nas amostras individuais de matrizes com ou sem natimortos, revelando que esse virus esta amplamente disseminado entre os suinos (Artigo 2). Os resultados apresentados nessa tese ampliam o conhecimento sobre a comunidade viral presente em suinos domesticos, enriquecem os bancos de dados virais e fornecem uma base para a comparacao da diversidade viral em estudos futuros.