Matchtope : ferramenta de busca de similaridades entre epítopos apresentados sobre o contexto MHC-I - Mendes, Marcus Fabiano de Almeida (2018)
O sistema imune é formado por uma série de conexões entre diversas células e moléculas, em uma rede de alta complexidade tendo como função primaria a manutenção do equilibro homeostático do hospedeiro. Dentre os diversos tipos de respostas, uma das principais é a chamada resposta citotóxica, presente no conjunto classificado como sistema imune adaptativo. Os principais protagonistas são o linfócito T CD8+ e o complexo MHC de classe I. Através de uma rota de apresentação de antígeno, uma proteína, seja viral, tumoral ou própria, sofre um processo de degradação, sendo clivada para um tamanho de 8 a 13 aminoácidos, e migração até ser alocada dentro da fenda do MHC-I, sendo esta exposta na membrana celular para ser reconhecida pelo receptor da célula T citotóxica. Ao reconhecer o epítopo como não próprio, gera-se uma cascata de sinalização que leva à apoptose celular. Um mesmo receptor de célula T pode reconhecer mais de um tipo de epítopo, mesmo se já houve uma resposta prévia para um alvo especifico, tendo este fenômeno o nome de reatividade cruzada. Este fenômeno tem uma grande atribuição no combate a doenças e tumores, possuindo um grau de importância no desenvolvimento de novas terapias e vacinas. Apesar da sua relevância, existem poucas ferramentas in silico disponíveis para a sua predição, gerando assim um grande nicho a ser explorado. Devido a isto, desenvolvemos o MatchTope, ferramenta que utiliza o complexo do pMHC em sua conformação tridimensional para a busca de similaridades, utilizando o campo eletrostático das estruturas como dado de entrada para o cálculo de similaridade. Com resultados promissores, temos em mãos uma ferramenta pronta que estará disponível para diversos pesquisadores que trabalham com prospecções de alvos para vacinas tanto para vírus quanto para novos alvos tumorais que podem ser utilizados em uma abordagem imunoterapêutica.