Transcrição em microplasmas : predição de terminadores - Fritsch, Tiago Ebert (2014)
Mycoplasma hyopneumoniae é o agente etiológico da pneumonia enzoótica suína, uma enfermidade de distribuição mundial, responsável por consideráveis perdas econômicas. Este microrganismo possui um genoma reduzido com alto conteúdo de A+T e ausência de parede celular. Para investigar a patogênese de M. hyopneumoniae é importante entender seus mecanismos genéticos, porém, apesar do sequenciamento do genoma de várias linhagens (J, 7448, 7422, 232, 168 e 168-L), pouco se sabe sobre os mecanismos que regulam e controlam a expressão gênica neste microrganismo. Em M. hyopneumoniae 7448 foi previamente demonstrada a presença de sequências promotoras da transcrição no início de unidades transcricionais (UTs) e genes monocistrônicos (mCs). No entanto, o mecanismo de término da transcrição continua pouco conhecido em micoplasmas, vindo a ser o objeto de estudo neste trabalho. Para isto, foram utilizados três programas computacionais, ARNold, TransTermHP e WebGesTer, para predição de terminadores intrínsecos no genoma de M. hyopneumoniae 7448. Para a confirmação, os terminadores preditos foram classificados em classes de acordo com suas características estruturais e funcionais. Por meio das análises in silico, pôde ser confirmada a presença de terminadores em 63% dos 33 mCs e em 64% das UTs. As características padrão determinadas para os terminadores intrínsecos de M. hyopneumoniae 7448 foram: localização a uma distância entre -11 a 200 pb do códon de parada da tradução do gene alvo e possuir um valor de energia livre de Gibbs menor que -4 kcal/mol. Já a cauda poli-U não foi encontrada em nenhum dos terminadores confirmados. As análises de RT-PCR e qRT-PCR, demonstraram que os terminadores classes tc2, tc3 e tc4 possuem atividade funcional em micoplasmas. Estes resultados mostram que, apesar de divergirem do modelo de terminador de outras bactérias, como Escherichia coli, os terminadores de micoplasmas possuem atividade funcional. Assim, podemos sugerir que os terminadores intrínsecos sejam a principal forma de terminação da transcrição em M. hyopneumoniae 7448.